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Néphrologie & Thérapeutique

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Molecular epidemiology and kinetics of early Escherichia coli urinary tract infections in kidney transplant recipients Volume 13, issue 4, Juin 2017

Figures


  • Fig. 1

  • Fig. 2

  • Fig. 3

  • Fig. 4

  • Fig. 5

  • Fig. 6
Authors

Contexte

Les infections urinaires (IU) à Escherichia coli sont dues à des souches d’origine fécale.

Méthode

Un échantillon de selles a été prélevé avant la transplantation rénale (TR) et en même temps que les urines lors de 15 IU à E. coli survenues chez 11 patients. Les souches uniques d’E. coli parmi 25 isolats par selle et 5 isolats par urine ont été déterminés par typage à l’aide d’amplification aléatoire de l’ADN. Le groupe phylogénétique (qui est corrélé à la virulence dans l’espèce E. coli) a été déterminé pour chaque souche par une méthode basée sur l’amplification génique.

Résultats

Quarante-trois et 14 souches uniques ont été isolées parmi 650 isolats fécaux et 75 isolats urinaires, respectivement. Les souches urinaires appartenaient dans 55 % des cas à un groupe phylogénétique habituellement non pathogène. Elles étaient détectées dans les selles prélevées au même moment dans 60 % des cas. Les souches urinaires des groupes habituellement pathogènes étaient plus fréquemment dominantes dans les selles (100 %) que les souches des groupes non pathogènes (42 % ; p<0,05). La présence d’une sonde vésicale au moment de l’IU favorisait les souches habituellement non pathogènes. De plus, 33 % des souches fécales persistaient sur 2 prélèvements et 62 % étaient détectées pour la 1re fois au moment de l’IU. De nombreux scenari pouvaient conduire à une IU : d’une souche virulente unique persistante jusqu’à une souche peu virulente récemment acquise, favorisée par une sonde vésicale.

Conclusion

Les interactions hôte-pathogène qui précédent la virulence extra-intestinale sont très diverses.

Background

Escherichia coli strains causing Urinary Tract Infections (UTI) have a fecal origin.

Methods

A fecal sample was collected before Kidney Transplantation (KT) and concomitantly with urine at each of the 15 E. coli UTIs which occurred in 11 KT recipients. Unique E. coli strains were identified among 25 isolates per feces and 5 isolates per urinary sample by random amplification of polymorphic DNA. Phylogenetic group (which is correlated to virulence in the E. coli species) was determined for each E. coli strain by a PCR based method.

Results

Forty-three unique fecal strains and 14 unique urinary strains were identified among 650 fecal isolates and 75 urinary isolates. Urinary strains frequently (55% of the cases) belonged to a phylogroup usually not linked to virulence. They were detected in the feces collected concomitantly in 60% of the cases. Urinary strains belonging to a phylogroup usually linked to virulence were more frequently dominant in the feces (100%) than urinary strains belonging to a non-pathogenic phylogroup (42%; P<0.05). Vesical catheter was a facilitating factor only for urinary strains belonging to non-pathogenic phylogroups. Thirty-three percent of the fecal strains were persisting in two consecutive fecal samples and 62% were detected for the first time at the UTI. Numerous pathway lead to UTIs: from a unique, virulent and persisting strain to a non-virulent recently acquired strain facilitated by a vesical catheter.

Conclusion

Our work shows the diversity of host-microbial interactions which precede extra-intestinal virulence.