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Bulletin du Cancer

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Signature transcriptionnelle par hybridation suppressive soustractive (SSH) : un exemple d'application à l'étude des lymphomes Volume 88, numéro 3, Mars 2001

Auteurs
Laboratoire d'anatomie pathologique, CNRS UPR2163, CHU Purpan, place Baylac, 31059 Toulouse Cedex.

Nous avons évalué la technique d'hybridation suppressive soustractive (suppression subtractive hybridization ou SSH) pour isoler des gènes différentiellement exprimés dans les lymphomes anaplasiques à grandes cellules exprimant la tyrosine kinase (anaplastic lymphoma kinase ou ALK) par rapport aux lymphomes ALK-négatifs. Cette technique a aussi été utilisée pour comparer le transcriptome des maladies de Hodgkin de bon et de mauvais pronostic. Elle s'est avérée facile à mettre en place, reproductible et efficace. La SSH associe une étape de normalisation qui égalise des ADNc entre deux populations à étudier et une étape de soustraction qui exclut les séquences communes entre la population cible et la population témoin. Dans des conditions optimales, elle permet un enrichissement de séquences ADNc rares (quelques molécules/cellule) d'un facteur 1 000 à 5 000. Dans les diverses catégories de lymphomes étudiées, nous avons isolé plusieurs dizaines de gènes connus ou inconnus qui semblent différentiellement exprimés et de manière significative. Certains de ces gènes sont en cours de clonage par technique de mini-banque d'ADNc. Nous souhaitons comparer les résultats obtenus par SSH avec ceux obtenus sur des membranes à haute densité issues du commerce. A terme, nous voulons développer des membranes ou des puces à ADN spécifiques de ces tumeurs et ayant un intérêt clinique (pronostic et réponse thérapeutique).