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Annales de Biologie Clinique

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Évaluation des performances du test GeneXpert MRSA/SA Blood Culture de Cepheid® et extrapolation des résultats aux staphylocoques à coagulase négative Volume 79, numéro 5, Septembre-Octobre 2021

Auteurs
Laboratoire de biologie médicale, Centre hospitalier Saint-Joseph – Saint-Luc, Lyon, France
* Correspondance

Chez les patients hospitalisés, les bactériémies staphylococciques sont fréquentes, et la mortalité est élevée. Le diagnostic rapide vise à identifier la présence de Staphylococcus aureus (SA) et sa résistance à la méticilline dès la positivité du flacon d’hémoculture. Il s’appuie sur des tests de biologie moléculaire tel que le GeneXpert MRSA/SA Blood Culture de Cepheid® dont nous évaluons d’une part les performances avant et après interprétation des niveaux de positivité des différentes sondes estimés par les Cycle threshold (Ct), et d’autre part l’apport pour la caractérisation des hémocultures à staphylocoques à coagulase négative (SCN) non proposée par le fournisseur.

L’étude porte sur 145 bactériémies à cocci à Gram positif en amas. L’analyse des Ct des différentes sondes met en évidence quelques résultats positifs avec des valeurs très élevées et éloignées de la moyenne. Le reclassement de ces résultats parmi les négatifs améliore la spécificité des sondes (spa :100 % contre 96,8 % et mec 100 % contre 91,9 %) sans dégrader la sensibilité (spa : 98,1 % contre 100 % et mec 98,6 % contre 98,6 %). Ensuite, sur la base d’un algorithme intégrant les résultats de l’amplification de chaque cible, nous avons extrapolé les résultats aux SCN. Au final, le reclassement parmi les négatifs des sondes dont les Ct présentent des valeurs extrêmes et l’utilisation de l’algorithme pour les SCN a permis d’obtenir une concordance de 97,9 % (142/145) entre la conclusion du test de biologie moléculaire et la culture conventionnelle.