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Virologie

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Phylodynamique des infections virales Volume 21, numéro 3, Mai-Juin 2017

Illustrations

  • Figure 1
  • Figure 2
  • Figure 3
  • Figure 4

Tableaux

Auteurs
Laboratoire Mivegec
(UMR CNRS 5190, IRD 224, UM),
911 avenue Agropolis,
34394 Montpellier cedex 5, France
  • Mots-clés : épidémiologie, évolution, phylogénie, génomique, R0, phylogéographie
  • DOI : 10.1684/vir.2017.0696
  • Page(s) : 119-29
  • Année de parution : 2017

La facilité croissante avec laquelle les gènes, voire les génomes, viraux sont séquencés a entraîné l’essor d’une discipline appelée phylodynamique. Celle-ci vise à utiliser les données de séquences génétiques pour estimer des paramètres tels que le taux de croissance de la population virale, le nombre d’infections ou même leur durée moyenne. L’hypothèse de travail est que la manière dont les virus se propagent laisse des traces dans leur génome. Dans cette revue, nous introduisons d’abord l’originalité des inférences en phylodynamique par rapport aux approches « classiques » en phylogénétique. Puis, nous présentons la nouveauté qu’ont constituées les phylogénies d’infections virales par rapport aux phylogénies d’espèces tout en donnant des pistes pour inférer ces phylogénies. Ensuite, nous retraçons la naissance de la phylodynamique et ses premiers succès, afin de passer en revue les différentes questions auxquelles l’approche permet de répondre. Enfin, nous présentons quelques défis pour la discipline.