John Libbey Eurotext

Environnement, Risques & Santé

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Élimination de bactéries pathogènes dans les digestats agricoles par compétition avec les bactéries indigènes Article à paraître

Illustrations

  • Figure 1
  • Figure 2
  • Figure 3
Auteurs
1 LBE, Univ Montpellier, INRA
102, avenue des Etangs
11100 Narbonne
France
2 Irstea, UR OPAALE
17, avenue de Cucillé
CS64427
35044 Rennes
France
3 Université Bretagne Loire
France
* Tirés à part

L’inactivation des pathogènes bactériens lors de la méthanisation mésophile est modérée comparativement aux procédés thermophiles. Les abattements des indicateurs de contamination fécale (Escherichia coli, Enterococcus sp.) et des bactéries pathogènes varient d’un facteur 10 à 1 000. Cependant, lors du stockage des digestats, une « hygiénisation » naturelle liée à la richesse des digestats en bactéries indigènes a lieu. La compréhension des mécanismes biotiques mis en œuvre permettrait d’améliorer la valorisation des digestats en agronomie. Le projet PRObiotic avait pour objectif d’étudier comment l’activité des micro-organismes du digestat pendant son stockage influence l’élimination des bactéries pathogènes, cette activité étant liée aux nutriments disponibles. En combinant analyses physico-chimiques, biochimiques (fractionnement de la matière organique, spectrofluorimétrie 3D), microbiologiques (culture, qPCR, analyse de la diversité microbienne par séquençage NGS1), ainsi que par des tests de biodégradabilité en conditions anaérobie et aérobie, il a pu être démontré que la survie de Salmonella enterica sérotype Derby, inoculée dans des digestats, est moindre lorsque l’accessibilité de la matière organique et l’activité microbienne sont plus importantes. Lorsque la matière organique du digestat est stabilisée [NdBP-2], cet « effet barrière » par les micro-organismes indigènes du digestat diminue. Dans le cas de Listeria monocytogenes, la nature du post-traitement2 joue principalement : cette bactérie survit peu lorsqu’elle est inoculée dans des digestats compostés, alors qu’elle peut se maintenir 40 jours après inoculation dans des digestats non post-traités. Cette étude montre comment la compréhension des interactions microbiennes, et en particulier de la pression biotique exercée sur les espèces pathogènes, peut permettre de mieux maîtriser leurs dynamiques et in fine d’améliorer la gestion de risques microbiologiques.