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Bulletin du Cancer

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Le typage génomique : de la cytogénétique moléculaire aux puces à ADN Volume 88, numéro 3, Mars 2001

Auteurs
Génome et cancer, UMR 5535, CNRS Centre de Recherche, CRLC Val-d'Aurelle-Paul-Lamarque, 34298 Montpellier Cedex 5.

Les premières observations de la déstabilisation du génome dans les cellules tumorales datent du début du xxe siècle. Cependant, si les études de cytogénétique ont permis d'établir une nouvelle classification des hémopathies, la complexité des remaniements observés dans les tumeurs solides est longtemps restée un obstacle aux tentatives de caractérisation d'un type tumoral particulier sur la base d'aberrations structurales spécifiques. L'application, à partir de 1993, de la méthode d'hybridation génomique comparative (CGH) a permis l'émergence d'une image plus claire. En effet, dans tous les types tumoraux analysés, la CGH montre que la cancérisation s'accompagne d'anomalies quantitatives qui s'expriment sous forme de gains ou de pertes de matériel génétique. Ces gains et ces pertes peuvent affecter des régions dont les tailles varient entre un bras chromosomique entier et quelques mégabases (Mb). Il est apparu que, tous types tumoraux confondus, tous les chromosomes sont le siège d'au minimum une région de gain ou de perte. Par ailleurs, on notera que les profils de gains et de pertes n'étaient pas identiques d'un type tumoral à un autre, confortant l'hypothèse selon laquelle il serait possible de construire une grille d'interprétation phénotypique des cancers sur la base de leurs patrons d'anomalies génomiques. Toutefois, la mise en œuvre d'un tel objectif était limitée par le manque de résolution de la CGH. En effet, la CGH utilise comme cibles d'hybridation des chromosomes en métaphase, ce qui implique que la précision des résultats est de l'ordre de la bande chromosomique. Ces limitations sont en passe d'être levées par le remplacement récent de la CGH sur chromosomes en métaphase par la CGH sur réseaux d'ADN clonés (CGH-array). Les chromosomes cèdent la place aux clones d'ADN (clones génomiques - BAC, YAC ou cosmides - ou ADNc). Cette évolution technologique permet donc de faire passer la résolution d'un niveau cytogénétique (quelques Mb) à un niveau moléculaire (2 à 100 kb selon la cible). De plus, avec l'avancement du séquençage du génome humain, il sera bientôt possible de relier immédiatement des données concernant une cible clonée (BAC ou autre) à des données de séquence. Enfin, si la CGH sur chromosomes se prête mal à une automatisation des méthodes, il n'en est pas de même pour la CGH sur réseau d'ADN.