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Annales de Biologie Clinique

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Intérêt du séquençage combiné du génome mitochondrial et d’un panel ciblé de gènes nucléaires impliqués dans les maladies mitochondriales Volume 79, numéro 1, Janvier-Février 2021

Illustrations

  • Figure 1
  • Figure 2
  • Figure 3
  • Figure 4

Tableaux

Auteurs
1 DMU BioGeM, AP-HP Sorbonne Université, Hôpitaux universitaires Pitié-Salpêtrière-Charles-Foix, Service de Biochimie métabolique, Paris, France
2 Département de biochimie et génétique, MitoLab, UMR CNRS 6015-Inserm U1083, Université et CHU d’Angers, Angers, France
3 MitoDiag : The National Network of Diagnostic Laboratories for Mitochondrial Diseases includes: Pascal Reynier (CHU Angers), Patrizia Amati-Bonneau (CHU Angers), Céline Bris (CHU Angers), Vincent Procaccio (CHU Angers), Alice Choury (CHU Angers), Valérie Desquiret-Dumas (CHU Angers), Naig Gueguen (CHU Angers), David Goudenege (CHU Angers), Marie-Laure Martin-Negrier (CHU Pellegrin, Bordeaux), Aurélien Trimouille (CHU Pellegrin, Bordeaux), Stéphane Allouche (CHU Caen), Gaëlle Hardy (CHU Grenoble) Claire-Marie Dhaenens (CHU Lille), Aurore Davos (CHU Lille), Cécile Acquaviva-Bourdain (CHU Lyon), Cécile Pagan (CHU Lyon), Sophie Vasseur (CHU Lyon), Samira Ait-el-Mkadem Saadi (CHU Nice), Sylvie Bannwarth (CHU Nice), Annabelle Chaussenot (CHU Nice), Konstantina Fragaki (CHU Nice),Véronique Paquis-Flucklinger (CHU Nice), Cécile Rouzier (CHU Nice), Pauline Gaignard (CHU Bicêtre), Giulia Barcia (CHU Necker), Jean-Paul Bonnefont (CHU Necker), Julie Steffann (CHU Necker), Anne Sophie Lebre (CHU REIMS).
4 Université de Paris, UTCBS, CNRS, Inserm, Paris, France
5 DMU BioGeM, AP-HP, Sorbonne Université, Département de génétique, Hôpitaux universitaires Pitié-Salpêtrière-Charles-Foix, Paris, France
6 Département de génétique médicale, Centre de référence des maladies mitochondriales, CHU de Nice, Inserm U1081, CNRS UMR7284, IRCAN, Université Côte d’Azur, Nice, France
* Correspondance
a Ces auteurs ont participé à ce travail à part égale

Le diagnostic moléculaire des maladies mitochondriales est complexe du fait de la double origine génétique de ces pathologies : ADN mitochondrial (ADNmt) et ADN nucléaire (ADNn). Le séquençage complet de l’ADNmt reste l’analyse de première intention complété si besoin par l’étude de l’ADNn. Cette stratégie avec un séquençage isolé de l’ADNmt se justifie par l’existence de pseudogènes mitochondriaux au niveau nucléaire. Nous avons élaboré un panel comprenant l’ADNmt et 135 gènes nucléaires que nous avons comparés au séquençage isolé de l’ADNmt. Trente patients ont été analysés par les deux méthodes. La validation de méthode a été faite sur la profondeur de lecture et la reproductibilité des résultats. Nous avons mis en évidence l’absence d’impact des pseudogènes sur la détection et la quantification de l’hétéroplasmie des variants de l’ADNmt. Les profondeurs sont supérieures aux recommandations du réseau pour l’intégralité de l’ADNmt pour le muscle et pour 70 % pour le sang. Ces résultats mettent en avant l’intérêt du séquençage commun de l’ADNmt et ADNn permettant l’obtention de résultats complets, dans un délai plus court.