ARTICLE
Dans un éditorial précédent, je tentais de
vous convaincre de l'importance d'associer notre discipline à l'effort
visant à doter notre pays d'un outil performant et standardisé
d'étude du génome et du transcriptome. Cet appel a été
entendu et de nombreux projets de qualité ont été
adressés à la direction du programme « Cartes d'Identité
des Tumeurs ». J'ai eu plaisir à voir que des sujets aussi
importants que les leucémies aiguës lymphoblastiques, les
leucémies aiguës myéloblastiques et les myélodysplasies,
la leucémie lymphoïde chronique, la leucémie myéloïde
chronique, les lymphomes malins et le myélome avaient pu être
considérés, à côté de plusieurs types
de tumeurs solides, comme des priorités du programme CIT. J'ai
apprécié la qualité des collections et l'acuité
des questions cliniques décrites dans ces projets. Afin de faciliter
la coordination du programme, j'ai demandé que les projets médicaux
soient regroupés dans des consortiums qui veilleront à la
qualité des collections et définissent les priorités
parmi leurs meilleurs projets.
La mise en œuvre de ces projets est lourde et demande des efforts
non seulement des investigateurs mais également des collègues
impliqués dans la définition des ressources génomiques,
la construction des outils d'analyse et dans la mise en place des programmes
bio-informatiques. Ces efforts seront brièvement rappelés
dans cet éditorial. La constitution d'un ensemble le plus complet
possible d'ADN complémentaires humains et murins a été
confiée au Centre national de séquençage (CNS, Dr
J. Weissenbach, G. Gyapay et W. Saurin). L'équipe de J. Weissenbach,
confortée par des résultats obtenus dans d'autres centres,
estime que le nombre total de gènes est de l'ordre de 30 000. En
utilisant plusieurs banques d'ADN complémentaires de pleine longueur,
nos collègues par séquençage extensif puis procédures
de regroupement informatique des séquences, ont constitué
un ensemble d'ADN complémentaires correspondant à environ
16 000 gènes humains différents. Cet ensemble se compare
favorablement avec les autres ensembles obtenus à l'échelon
international (l'ensemble Reference Sequences du NCBI, qui regroupe un
ensemble de clones informatiques de pleine longueur complètement
séquencés, comporte environ 10 000 membres). Le CNS avec
l'aide de P. Dessen, cherche actuellement à compléter leur
ensemble de clones afin d'obtenir une exhaustivité raisonnable
vis-à-vis des objectifs de la première génération
des cartes du programme CIT (un représentant ADNc pour environ
80 % des gènes). Je souhaite que nos collègues soient épaulés
dans cette démarche par la communauté scientifique qui,
fournissant des listes normalisées de gènes importants pour
la physiologie de tel ou tel tissu ou pour les grandes fonctions cellulaires
(prolifération, apoptose, etc.), aidera à détecter
des biais de représentations dans l'ensemble actuel. Ces biais
seront rapidement corrigés par l'introduction de nouvelles banques
d'ADNc qui seront séquencées ou par l'introduction directe
de certains ADNc. J'ai demandé à plusieurs groupes de la
Société de nous aider dans cette action. La mise en œuvre
de l'ensemble d'ADNc murins a pris quelque retard par rapport au programme
humain. Cette situation m'a poussé à reporter la majorité
des projets cognitifs au printemps 2001. Le CNS travaille activement sur
ce projet. Un pas important sera franchi pour les ADNc lymphoïdes
par l'introduction des ADNc obtenus à partir de banques préparées
par nos collègues Christophe Benoist et Diane Mathis qui se sont
associés au programme CIT. Ces clones sont en cours de séquençage
au CNS. L'élaboration des outils d'analyse a également beaucoup
progressé. J'ai chargé une équipe constituée
des docteurs Aurias, Dumanoir et Theillet de définir l'outil d'analyse
du génome. Le choix s'est porté sur l'hybridation génomique
comparative sur tableaux ordonnés de séquences (CGH-array),
qui permet une détection fiable des délétions et
amplifications. Deux filières seront construites en parallèle.
La première utilisera comme séquences les ADN complémentaires
choisis pour l'analyse du transcriptome. Cette méthode reste délicate
sur le plan technique, mais pourrait faciliter grandement les études
bio-informatiques conjointes du génome et du transcriptome. La
deuxième filière sera basée sur une technologie plus
éprouvée, la CGH-array utilisant, comme séquences,
des chromosomes artificiels de bactéries (BAC). Cet outil assure
une couverture pan-génome discontinue (1 BAC pour 1,5 Mb), une
couverture plus dense des régions chaudes de réarrangements
et une couverture ciblée des gènes suppresseurs de tumeurs
déjà identifiés. La construction de cet outil (3
000 BAC environ) demande un effort majeur. L'équipe chargée
du projet sera aidée par des collègues provenant d'une vingtaine
de laboratoires spécialisés dans l'étude des régions
de remaniements. Afin de définir les meilleures stratégies
d'étude du transcriptome, j'ai souhaité que sept laboratoires
d'excellence (Équipes des Drs Aggerbeck, Auffray, Chambaz, Dumanoir
et Kastner, Marguerie, Nicolas, Nguyen et Houlgatte) se soumettent à
une étude comparative. Sept cents ADNc ont été choisis
au hasard et rendus anonymes par G. Gyapay. Trois cents réplicats
cachés ont été également inclus. Après
PCR, les 1 000 produits obtenus et six échantillons anonymes (culots
provenant de trois lignées, Jurkat, RS411, K562 et
3 ARN provenant de leucémies alphabeta, pré-B avec t(4;11)
et d'une TA de LMC) préparés par J.M. Cayuela, ont été
transmis aux équipes. Les outils d'analyse (lames de verre ou filtres)
ont été créés en quadruplicate et les expériences
d'hybridation ont été conduites et analysées dans
chaque centre. Les données standardisées issues de ces expériences
ont été analysées par G. Thomas, E. Pouiller et son
équipe d'informaticiens. Les résultats ont montré
qu'une corrélation raisonnable entre les expériences pouvait
être obtenue sous réserve de standardiser absolument les
méthodes. J'ai donc décidé de restreindre pour l'instant
l'impression des outils à un seul centre par filière et
d'harmoniser les protocoles et les équipements d'analyse dans chaque
centre. La capacité démontrée par certaines des plates-formes
d'associer correctement les échantillons (lignées et ARN)
à partir des mesures obtenues en utilisant les 700 ADNc aléatoires
est inespérée et constitue un bon gage de succès
du programme. Le choix entre les deux filières (lames et filtres)
se fera essentiellement sur la base du matériel disponible (les
filtres utilisant la radioactivité demandent moins de matériel).
L'interprétation des données obtenues sur les tumeurs
nécessite de pouvoir comparer les résultats à ceux
qui sont obtenus pour les cellules normales. Afin de faciliter cette démarche,
j'ai créé trois programmes transversaux concernant les cellules
vasculaires, les cellules lymphoïdes et les cellules hématopoïétiques
coordonnés respectivement par F. Amalric, M. Bonneville et W. Vainchenker.
Le but de ces programmes est de faire appel à des spécialistes
de sous-populations cellulaires qui isoleront ces cellules chez l'homme
et la souris par les procédures les plus à même de
conserver le programme transcriptionnel. Le transcriptome de ces cellules
sera analysé par les outils utilisés pour l'analyse des
tumeurs.
Comme le montrent ces quelques lignes, l'hématologie sera présente
en bonne place dans le programme CIT. Gageons que cette démarche
permettra des avancées majeures dans la compréhension des
mécanismes de la leucémogenèse et dans la prise en
charge et le traitement des malades. Elle constituera sûrement une
occasion unique de favoriser des échanges fructueux entre la communauté
scientifique et la communauté médicale ce qui constitue
un des objectifs essentiels de la Société française
d'hématologie
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