Sarcomes : banques de tumeurs et évolution des procédures diagnostiques

ARTICLE

Auteur(s) : J-M Coindre

Institut Bergonié, Laboratoire de pathologie, Département de pathologie, Inserm U916, Université Victor-Ségalen Bordeaux, France

Article reçu le 12 Ao�t 2009, accepté le 8 F�vrier 2010

Introduction

Du fait de l'existence de nombreuses anomalies génomiques spécifiques [3] à type de translocations réciproques retrouvées dans une douzaine de types de sarcomes, d'amplification des gènes MDM2 et CDK4 associée à un profil génomique simple dans les liposarcomes bien différenciés et dédifférenciés et de mutations activatrices des gènes Kit et PDGFRA dans les tumeurs stromales du tube digestif, la cryopréservation d'un fragment tumoral est importante pour le diagnostic et la prise en charge du patient. Les bases de données partagées et en particulier les banques de tumeurs virtuelles à l'échelon national ou international constituent actuellement un outil majeur et incontournable pour la recherche.

Une prise en charge multidisciplinaire de ces tumeurs est fortement recommandée du fait de leur complexité et de thérapeutiques de plus en plus spécifiques et parfois ciblées [4]. Cette prise en charge multidisciplinaire comporte de manière obligatoire une expertise en anatomie pathologique et en biologie moléculaire. La constitution d'un réseau structuré à l'échelon régional et national permet ainsi une prise en charge optimale du fait de la nécessité d'une interprétation anatomopathologique de plus en plus difficile liée à l'utilisation étendue des microbiopsies, de l'importance d'une cryopréservation initiale, de la participation à la réunion de concertation pluridisciplinaire en oncologie et de l'utilisation de techniques moléculaires pertinentes en fonction du contexte clinique, anatomopathologique et thérapeutique.

Banques de tumeurs et bases de données partagées

Il convient en pratique de congeler un fragment tumoral pour toute tumeur des tissus mous profonde ou de plus de 5 cm, ou toute tumeur suspecte d'être un sarcome du fait de sa récidive ou de sa survenue chez un jeune patient. Le fragment congelé permettra ainsi une recherche fiable de translocation réciproque retrouvée en particulier dans le sarcome d'Ewing, les synovialosarcomes ou rhabdomyosarcomes alvéolaires, et particulièrement intéressante sur le plan du diagnostic pour ces tumeurs de diagnostic souvent difficile. Il permettra également de rechercher les mutations des gènes Kit et PDGFRA dans les tumeurs stromales du tube digestif, ce qui peut aider au choix thérapeutique.

Les fragments cryopréservés dans ces banques de tumeurs contribuent également à la mise en place de projets de recherche coopératifs par la mise en commun des données concernant les prélèvements et les patients de différentes banques de tumeurs locales réalisant ainsi une banque de tumeurs virtuelles.

Les bases de données partagées et les banques de tumeurs virtuelles constituent actuellement un outil incontournable de la recherche clinique et biologique dans le domaine des sarcomes. L'expérience du Groupe sarcome français a permis la mise en place d'une banque de tumeur virtuelle richement annotée au niveau européen pour les tumeurs conjonctives des tissus mous et des viscères dans le cadre du groupe européen Conticanet (Connective Tissue Cancer Network) [6]. Les deux bases de données mises en place (Conticabase : www.conticabase.org et Conticagist : www.conticagist.org) correspondent à des bases de données communes, partagées via Internet, sécurisées et cryptées avec une traçabilité de toutes les modifications, la possibilité de faire des requêtes simples pour évaluer la faisabilité de travaux de recherche et la possibilité d'export des données sous format standardisé. Ces bases de données comportent environ 170 paramètres décrivant les données cliniques concernant la tumeur, les données histologiques, l'immunohistochimie, la relecture histologique par un groupe expert, le traitement, l'évolution et l'ensemble des échantillons tumoraux inclus en paraffine ou cryopréservés avec données moléculaires rattachées à ces échantillons. La Conticabase est rattachée à des serveurs de lames virtuelles permettant ainsi une relecture histologique des cas difficiles à distance par lames virtuelles. Elle est en outre rattachée à la plateforme génomique de l'institut Curie, permettant d'avoir un accès aux données de CGH array et de cDNA array. L'entrée des données dans la base peut se faire directement via Internet (entrée « on line ») ou sur un module de comptes rendus disponibles localement, téléchargeables dans un second temps (entrée « off line ») ou par l'intermédiaire de comptes rendus standardisés structurés de plus en plus utilisés par les anatomopathologistes mais également dans les réunions de concertation pluridisciplinaire. L'utilisation de plusieurs comptes rendus standardisés et structurés devrait permettre à terme une entrée unique des données dans la base sans ressaisie de celles-ci.

Ces bases de données partagées (comportant ainsi une banque de tumeurs virtuelles partagées) permettent la réalisation de travaux cliniques, histopathologiques et moléculaires coopératifs. Elles sont également source de progrès pour la prise en charge des patients, car elles nécessitent un partage d'expérience, la mise en place de procédures standardisées et des programmes de formation et d'assurance qualité aux niveaux clinique, anatomopathologique, biologique et thérapeutique. Dans le domaine de l'anatomie pathologique, elles nécessitent des séances de relecture de cas difficiles et des cas à inclure dans les bases de données, permettant ainsi une harmonisation des pratiques, la formation des plus jeunes et la mise à niveau permanente des participants. Ainsi, dans le cadre du Groupe sarcome français, une dizaine de journées de relecture est effectuée tous les ans permettant la relecture de plus de 500 cas de sarcomes. La mise en place d'un enseignement postuniversitaire national sur l'anatomie pathologique des tumeurs des tissus mous, existant depuis une vingtaine d'années, a permis la formation de plusieurs centaines de pathologistes dans le domaine. L'utilisation d'un système de lames virtuelles pour relire une partie des cas inclus dans les bases de données va également permettre de constituer une banque d'images utilisable directement pour la formation à distance. La mise en place d'une évaluation des pratiques professionnelles, réalisée dans un premier temps à l'intérieur de notre groupe, a également permis une harmonisation de nos pratiques et est actuellement en cours de diffusion au niveau des pathologistes généralistes. Le développement de programmes d'assurance qualité dans le domaine du diagnostic moléculaire des sarcomes permet d'évaluer et d'harmoniser nos pratiques dans ce domaine. La liste des examens de biologies moléculaires effectuées dans le cadre du diagnostic par les partenaires du groupe est disponible sur le site du Groupe sarcome (www.gsf-geto.org). En outre, la coopération permanente des pathologistes et des biologistes avec les cliniciens permet une approche multidisciplinaire indispensable en cancérologie et particulièrement fructueuse dans le domaine des sarcomes du fait de la difficulté de prise en charge de ces tumeurs et de la mise à disposition de thérapeutiques de plus en plus ciblées nécessitant une évaluation anatomopathologique et biologique de plus en plus précise. Les approches multicentriques et pluridisciplinaires ainsi réalisées permettent au quotidien de résoudre des problèmes de diagnostic et de décision thérapeutique par la mise en commun des cas difficiles.

Les bases de données partagées sont également source de progrès pour le recueil des données. Elles nécessitent le recueil systématique de données minimales importantes pour la prise en charge du patient, avec une définition commune de ces données nécessitant là également la mise en place de sessions de formation et de programme d'assurance qualité aboutissant à une harmonisation dans l'évaluation et la prise en charge des patients. La collecte et l'entrée des données constituent la principale limitation des bases de données, particulièrement en médecine, du fait du temps passé et donc du coût et du fait de la qualité minimale à assurer concernant les données recueillies. Notre expérience est passée par plusieurs étapes : collecte des données par les pathologistes, puis par des assistants de recherche clinique dans les dossiers médicaux, donc de manière rétrospective avec interprétation à partir de texte libre. Nous avons calculé que le coût d'entrée des données se situe entre 40 et 100 euros par patient. Cette stratégie nécessite en outre une formation des assistants de recherche clinique et un programme d'assurance qualité. De ce fait, nous mettons actuellement en place l'utilisation au quotidien de comptes rendus standardisés et structurés pour l'anatomie pathologique, la chirurgie et les réunions de comité pluridisciplinaire pour la prise en charge de ces patients. Dans un premier temps, l'utilisation de ces comptes rendus standardisés permettra un recueil facilité sans interprétation des données par les assistants de recherche clinique. Notre projet, en cours de réalisation, est de faire migrer les données recueillies au quotidien dans ces comptes rendus structurés (langage XML) dans les bases de données sans ressaisie, évitant ainsi les interprétations et les erreurs liées à toute saisie.

Ces bases de données ne peuvent s'inscrire que dans le cadre d'un réseau national ou international pluridisciplinaire. Au niveau national, le Groupe sarcome français comporte plusieurs centres d'excellence regroupant l'ensemble des moyens diagnostiques et thérapeutiques pour la prise en charge des patients porteurs d'un sarcome.

Évolution des procédures diagnostiques

Le Groupe sarcome scandinave recommande d'utiliser des critères cliniques et radiologiques simples pour sélectionner les patients considérés comme à risque d'être porteur d'un sarcome : patient porteur d'une tumeur des tissus mous profonde, c'est-à-dire située au-dessous de l'aponévrose superficielle qui sépare l'hypoderme des muscles striés sous-jacents ou d'une tumeur de plus de 5 cm de grand axe [7]. On peut y ajouter toute tumeur suspecte d'être un sarcome parce que récidivante ou rapidement évolutive, ou toute tumeur des tissus mous survenant chez un enfant, un adolescent ou un adulte jeune. Dans ces conditions, environ un cas sur sept correspond à un sarcome et doit donc a priori être pris en charge comme tel, c'est-à-dire bénéficier en premier lieu d'une imagerie le plus souvent par résonance magnétique nucléaire avant tout prélèvement.

Du fait de la difficulté du diagnostic et de la classification des sarcomes, il convient que le clinicien sache remettre en cause le diagnostic histologique de sarcome et qu'il fasse relire systématiquement tout diagnostic de sarcome par un pathologiste spécialisé dans ce domaine. En outre, ce type de tumeurs doit impérativement bénéficier d'une prise en charge multidisciplinaire par une équipe spécialisée dans le domaine des sarcomes. Le prélèvement pour examen histologique doit toujours être effectué après une exploration par imagerie et doit prévoir la congélation d'un fragment tumoral ou sa mise dans du RNA later pour cryopréservation ultérieure. Le pathologiste doit être en possession d'un minimum d'informations cliniques : sexe et âge du patient, localisation, profondeur et taille de la tumeur et éventuellement antécédent important du patient.

La microbiopsie au trocart, éventuellement guidée par l'imagerie, est actuellement le standard pour le premier prélèvement [8]. Celle-ci a l'avantage d'une faible morbidité, de faire gagner du temps et surtout d'organiser la prise en charge du patient. En contrepartie du fait de la faible quantité de matériel, le diagnostic peut être plus difficile. Ce type de prélèvement doit donc être pris en charge par un pathologiste spécialisé et prudent, et cela dans le cadre d'une équipe multidisciplinaire. Il convient d'être particulièrement prudent en cas de tumeur adipeuse bien différenciée, de tumeur myxoïde sans atypie et de tumeur fusocellulaire sans signe de malignité franc.

Avant de vouloir classer un sarcome, il convient d'éliminer formellement une lésion bénigne pseudosarcomateuse, en particulier lorsqu'il s'agit d'une tumeur de petite taille et superficielle, car les fasciites nodulaires sous-cutanées et les histiocytofibromes bénins cutanés cellulaires sont souvent cause d'erreur de diagnostic. Il convient également, devant toute tumeur, manifestement maligne des tissus mous mais peu différenciée, d'éliminer formellement un lymphome, un carcinome ou un mélanome.

La classification actuelle des sarcomes des tissus mous repose sur trois techniques : l'examen histologique en microscopie optique, l'immunohistochimie et la biologie moléculaire. Il convient bien entendu de tenir compte du contexte clinique pour l'orientation diagnostique.

Les types histologiques les plus fréquents au niveau des membres chez l'adulte sont les liposarcomes, les léiomyosarcomes et les sarcomes peu différenciés inclassés anciennement dénommés histiocytofibromes malins. Au niveau du rétropéritoine et chez l'adulte, les liposarcomes bien différenciés et dédifférenciés sont les plus fréquents, suivis par les léiomyosarcomes, tandis que les sarcomes peu différenciés inclassés sont rares dans cette localisation. En ce qui concerne les sarcomes des viscères, les deux types histologiques les plus fréquents sont les tumeurs stromales au niveau du tube digestif et les léiomyosarcomes au niveau de l'utérus. Le dermatofibrosarcome de Darier et Ferrand et le sarcome de Kaposi représentent chacun entre 5 et 10 % de l'ensemble des sarcomes, tandis que les angiosarcomes, les rhabdomyosarcomes, les myxofibrosarcomes, les synovialosarcomes, les sarcomes du stroma endométrial et les sarcomes d'Ewing extrasquelettiques représentent chacun entre 1 à 5 % de l'ensemble des sarcomes. Les autres types de sarcomes sont encore plus rares, représentant moins de 1 % chacun de l'ensemble des sarcomes. Ces chiffres sont issus d'une étude d'épidémiologie des sarcomes des tissus mous et des viscères réalisée dans trois régions européennes (Rhône-Alpes, Aquitaine et Vénitie) comportant environ 12 millions d'habitants réalisée dans le cadre du réseau Conticanet.

L'immunohistochimie est actuellement d'une aide précieuse pour classer les sarcomes [9], car elle permet parfois de démontrer une ligne de différenciation tissulaire ou plus souvent de la suggérer : ainsi l'immunohistochimie est obligatoire pour le diagnostic de tumeur stromale du tube digestif (CD117, DOG1), de rhabdomyosarcome (myogénine), de sarcome à cellules claires (protéine S100, HMB45), de sarcome épithélioïde (marqueurs épithéliaux, CD34 et INI1), de tumeur desmoplastique à cellules rondes (pankératine et desmine), de tumeur rhabdoïde maligne (pankératine et INI1) et souvent utile pour les diagnostics d'angiosarcome (CD31 et CD34), de synovialosarcome (pankératine et EMA), de léiomyosarcome (actine musculaire lisse, caldesmone), de liposarcome bien différencié ou dédifférencié (MDM2, CDK4), de sarcome d'Ewing (CD99), de schwannome malin (protéine S100) et de sarcome alvéolaire des parties molles (TFE3).

L'analyse moléculaire constitue actuellement une technique incontournable pour l'exploration des sarcomes [3]. Environ 45 % des sarcomes des tissus mous et des viscères comportent une anomalie moléculaire plus ou moins spécifique. Une translocation réciproque spécifique a été décrite dans une douzaine de sarcomes différents (tableau 1) permettant ainsi le diagnostic de manière spécifique. Environ un tiers des sarcomes de l'enfant est caractérisé par une translocation. Le plus souvent, le gène de fusion comporte un activateur de la transcription tel EWS. Dans d'autres cas, le gène de fusion a une action tyrosine-kinase comme dans le fibrosarcome congénital ou correspond à un facteur de croissance autocrine comme dans le dermatofibrosarcome de Darier et Ferrand. La détection de ces gènes de fusion a permis de mieux cerner certaines entités et de rapprocher certaines tumeurs : sarcome d'Ewing et tumeur neuroectodermique périphérique, néphrome mésoblastique cellulaire et fibrosarcome congénital. Les outils techniques utiles pour mettre en évidence ces translocations sont actuellement la RT-PCR et la Fish. La RT-PCR est utilisable à partir des ARN extraits de matériel congelé ou éventuellement à partir de matériel fixé et inclus en paraffine pourvu que les amorces choisies détectent un transcrit de moins de 150 à 200 paires de base. La technique de Fish est utilisable sur matériel congelé, empreintes et matériel fixé et inclus en paraffine. Pour la détection de translocation par Fish, on utilise plus volontiers des sondes encadrantes d'un gène tel EWS, le diagnostic de translocation reposant alors sur la séparation de ces deux sondes. Un profil génomique simple avec amplification des gènes MDM2 et CDK4 est observé dans les liposarcomes bien différenciés ou dédifférenciés ainsi que dans les sarcomes intimaux siégeant au niveau des gros troncs vasculaires. Cette amplification peut être suspectée par l'immunohistochimie [10] et affirmée par la technique de Fish pour les cas difficiles [11]. Cette donnée relativement nouvelle a permis de montrer que la plupart des sarcomes peu différenciés ou histiocytofibromes malins développés dans le rétropéritoine correspondait en réalité à des liposarcomes peu différenciés [12, 13]. Les tumeurs stromales du tube digestif ou GIST représentent environ 20 à 25 % des sarcomes et sont caractérisées par la présence de mutations activatrices le plus souvent du gène Kit (60 à 70 % des cas) et plus rarement du gène PDGFRA (10 à 20 % des cas) [14]. Ces mutations sont de plus en plus systématiquement recherchées dès le diagnostic de GIST. Cette recherche peut être réalisée sur matériel fixé au formol par séquençage direct ou mieux après criblage par DHPLC. L'intérêt est diagnostique dans les GIST négatives pour Kit en immunohistochimie, pronostique et surtout prédictif de la réponse au traitement par les inhibiteurs de tyrosine-kinase. Ces mutations représentent actuellement l'exemple des cibles thérapeutiques.

Un peu plus de 50 % des sarcomes des tissus mous et des viscères ne comportent pas d'anomalie génomique spécifique, mais au contraire des anomalies complexes encore mal comprises. Ces sarcomes sont principalement représentés par les léiomyosarcomes et les sarcomes peu différenciés.

Sur le plan du pronostic, il convient de distinguer formellement deux types d'événement : les récidives locales qui surviennent dans 10 à 20 % des cas et les métastases à distance principalement pulmonaires dans 30 à 50 % des cas. Au niveau des membres, le décès est en règle lié à la survenue de métastase. Le principal facteur de récidive locale est lié à la qualité de l'exérèse chirurgicale et donc à l'évaluation des marges d'exérèse qui doit être faite en collaboration par le chirurgien et l'anatomopathologiste [15]. Cette évaluation macroscopique et histologique comporte trois catégories : R0 : exérèse complète sans résidu histologique, R1 : exérèse macroscopique complète mais présence d'un résidu histologique, R2 : présence d'un résidu macroscopique lors de l'intervention. Cette classification est importante pour la prédiction des récidives locales et pour la décision de la poursuite du traitement locorégional. Le principal facteur prédictif de métastase et de décès est constitué par le grade histologique [16] aidé par le type histologique de sarcomes. Le système de grading dit de la FNCLCC ou grading français repose sur trois critères histologiques (tableau 2) : la différenciation, le nombre de mitoses et l'importance de la nécrose tumorale [17]. Les tumeurs de grade 1 comportent moins de 10 % des métastases à cinq ans, et dans cette situation les traitements adjuvants antimétastatiques sont inutiles. En revanche, les tumeurs de grade 3 comportent environ 60 à 70 % des métastases à cinq ans et doivent bénéficier, si cela est possible, d'une thérapeutique adjuvante ayant pour objectif de stériliser les éventuelles métastases. Bien entendu, la connaissance du grade doit être complétée par d'autres facteurs pronostiques, en particulier cliniques, comme la taille et la profondeur de la tumeur ainsi que l'envahissement vasculonerveux et/ou osseux. Ce grading histologique, purement morphologique, sera certainement remplacé, dans le futur, par un grading moléculaire.

Toutes ces informations doivent si possible être collectées dans un compte rendu standardisé (figure 1) et structuré sur le plan informatique permettant ainsi une réponse homogène entre pathologistes, une adéquation des informations fournies avec les besoins du clinicien pour la prise en charge du patient et une extraction automatisée des données pour alimenter les bases de données.

En conclusion, une prise en charge multidisciplinaire spécialisée et structurée au niveau national est indispensable pour les sarcomes du fait des difficultés diagnostiques et thérapeutiques rencontrées, liées en particulier à la rareté et la grande variété de ces tumeurs. La mise en place de bases de données partagées et en particulier de banques de tumeurs virtuelles annotées constitue un progrès important pour le développement d'études coopératives fructueuses.

Tableau 1 Principales translocations dans les sarcomes.

Conflits d'intérêts :

Références

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