Auteur(s) : C. Pallier
Laboratoire de virologie, CHU, Bicêtre.
Jusqu’à présent, seuls trois coronavirus humains étaient
caractérisés : le HCoV-229E et le HCoV-OC43 identifiés au
milieu des années 1960 et, identifié très récemment, le SARS-CoV.
Une équipe hollandaise rapporte dans Nature Medicine la
découverte d’un nouveau coronavirus humain, le HCoV-NL63, isolé en
janvier 2003 à partir des sécrétions nasopharyngées d’un enfant âgé
de 7 mois hospitalisé pour bronchiolite, coryza, conjonctivite
et fièvre. Les examens pour rechercher les virus classiquement
responsables d’infections respiratoires sont restés négatifs. Parmi
les différents types de cellules inoculées, un effet cytopathogène
(ECP) n’est apparu que dans des cellules de rein de singe après
8 jours d’incubation. Cet ECP a pu être transmis de façon très
prononcée à des cellules de la lignée LLC-MK2, mais l’utilisation
de différents anticorps n’a pas permis d’identifier le virus
responsable. Il a été mis en évidence en faisant appel à la méthode
Vidisca pour virus discovery cDNA amplified restriction
fragment-length polymorphism technique. Cette nouvelle
technique ne nécessite pas de connaître la séquence du génome
viral, seule la présence de sites de reconnaissance pour des
enzymes de restriction est suffisante pour garantir une
amplification non spécifique des ADN ou des ARN viraux. Après
clonage, le séquençage des fragments obtenus a révélé des
similitudes avec les autres membres de la famille des
Coronaviridae. Cependant, quelques divergences ont permis de
conclure à la découverte d’un nouveau coronavirus appelé HCoV-NL63.
Pour savoir s’ils n’étaient pas face à un cas isolé, les auteurs
ont mis au point une RT-PCR spécifique afin d’étudier la
circulation de ce nouveau virus dans la population générale.
Recherché de façon systématique dans les sécrétions respiratoires
de tous les patients admis à l’hôpital de décembre 2002 à mars
2003, ce virus a été détecté chez 7 personnes, présentant
toutes des signes respiratoires, 4 enfants de moins de
1 an et 3 adultes, dont 2 étaient immunodéprimés (l’un
greffé de moelle osseuse, l’autre séropositif pour le VIH). En
revanche, aucun des 306 échantillons prélevés au cours du
printemps et de l’été suivants ne le contenait.
Le génome des coronavirus est une molécule d’ARN monocaténaire,
linéaire, d’environ 30 kb, de polarité positive. Les deux
premiers tiers renferment les gènes 1a et 1b qui codent la
polymérase et les protéases. Le dernier tiers code les
4 protéines structurales, S pour spike, E pour
envelope, M pour membrane et N pour
nucleocapsid. Des ORF codant des protéines non structurales
sont présentes en nombre variable selon les espèces, entre les
autres gènes. L’analyse de la totalité de la séquence génomique du
HCoV-NL63 a montré qu’il appartient au groupe antigénique I. Il est
donc proche du HCoV-229E mais s’en distingue par plusieurs
éléments : 1) Les deux génomes ne partagent que 65 %
d’homologie de séquence. 2) L’ORF3 du HCoV-NL63 remplace les
gènes 4A et 4B situés entre les gènes S et E du HCoV-229E et code
probablement une protéine non structurale accessoire. 3) La région
5’ du gène S contient une insertion de 537 nucléotides. La
région N-terminale de la protéine correspondante étant impliquée
dans la liaison à l’aminopeptidase N et à l’acide sialique,
l’insertion de ces 179 acides aminés pourrait expliquer le
tropisme du HCoV-NL63. Cependant, le domaine précis d’interaction
entre le virus et son récepteur ne semble pas exactement se situer
au niveau de cette insertion qui ne doit donc pas intervenir
directement. 4) Le HCoV-NL63 se réplique efficacement dans les
cellules de rein de singe, comme le HCoV-SARS, tandis que le
HCoV-229E a un spectre d’hôte particulièrement étroit in
vitro. Toutefois leurs protéines S ne présentent pas de domaine
identique qui pourrait expliquer leur tropisme plus large. Le
HCoV-NL63 est donc retrouvé dans un nombre significatif
d’infections respiratoires d’étiologie jusqu’alors inconnue. La
mise au point d’outils diagnostiques permettra de préciser sa
prévalence et son pouvoir pathogène.
Van Der Hoek L et al. Identification of a new human
coronavirus. Nature Medicine 2004 ; 10 :
368-73.
|
Version imprimable