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Analyse multiéchelle de la diversité génétique des sorghos : compréhension des processus évolutifs pour  la conservation in situ


Cahiers Agricultures. Volume 17, Numéro 2, 114-21, Mars-Avril 2008, Synthèse

DOI : 10.1684/agr.2008.0180

Résumé   Summary  

Auteur(s) : Fabrice Sagnard, Adeline Barnaud, Monique Deu, Clarisse Barro, Claude Luce, Claire Billot, Jean-François Rami, Sophie Bouchet, Dékoro Dembélé, Virginie Pomiès, Caroline Calatayud, Ronan Rivallan, Hélène Joly, Kirsten Vom Brocke, Aboubacar Touré, Jacques Chantereau, Gilles Bezançon, Michel Vaksmann , International Crops Research Institute for the Semi-Arid Tropics (ICRISAT), ICRISAT Kenya, co/ILRI, PO Box 39063, Nairobi, Kenya, Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (Cirad), Unité propre de recherche (UPR) 67 « Gestion des ressources génétiques et dynamiques sociales », Unité mixte de recherche (UMR) 5175-CEFE, 1919, route de Mende, Montpellier 34293 cedex 5, Cirad, Unité mixte de recherche (UMR) « Développement et amélioration des plantes » (DAP), Avenue Agropolis, TA A 96/03, Montpellier 34398 cedex 5, Institut de l’environnement et des recherches agricoles (Inera), Programme sorgho, BP 10, Koudougou, Saria, Burkina Faso, Cirad, Unité propre de recherche (UPR) « Agrobiodiversité des plantes de savanes », Avenue Agropolis, TA A-08/01, 34398 Montpellier cedex 5,, Institut d’économie rurale (IER), Programme sorgho, Station de Sotuba, PO Box 258, Bamako, Mali, Institut de recherche pour le développement (IRD) Niger, BP 11416, Niamey, Niger.

Résumé : Au Burkina Faso, au Mali, au Niger et à Wanté, 1 518 échantillons de sorgho ont été collectés et analysés à l’aide de marqueurs microsatellites. Les paramètres de diversité et de différenciation génétique ont été estimés à différentes échelles spatiales, depuis celle de la variété locale à celle du pays, pour déterminer l’effet des principales forces évolutives sur la diversité génétique du sorgho. Il existe une diversité intra-variétale principalement déterminée par la biologie de la reproduction du sorgho et par les dérives génétiques engendrées par les effectifs limités d’individus lors de l’introduction d’une variété ou de la sélection paysanne de la semence. À l’échelle d’un village, la corrélation entre la diversité des noms vernaculaires et la diversité génétique mesurée par les marqueurs microsatellites est faible. Aucune structuration spatiale n’est observée dans des villages distants de plus de 30 kilomètres soulignant le caractère très local des systèmes semenciers traditionnels. Au Mali et au Niger, une proportion équivalente et supérieure, respectivement, de la diversité génétique du sorgho est observée sur un transect longitudinal qui recoupe essentiellement des divisions ethnolinguistiques, par rapport au transect latitudinal qui recoupe une variabilité agro-écologique plus grande. La diversité des groupes humains explique donc, en interaction avec les conditions environnementales, la diversité génétique du sorgho in situ. Une grande partie de la diversité présente dans la core collection sorgho du Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (Cirad) se retrouve à l’échelle de pays comme le Niger ou le Mali. L’importance de la diversité génétique cultivée par les paysans dans des systèmes agricoles restés traditionnels souligne l’utilité des approches de conservation in situ des ressources génétiques. La conciliation des enjeux de conservation et d’amélioration variétale pourrait être réalisée par un recours plus important au germoplasme local dans des programmes de sélection décentralisés.

Mots-clés : productions végétales, ressources naturelles et environnement

Illustrations

Figure 1 Localisation des sites d’étude.Figure 1.Location of study sites.

Figure 2 Analyse factorielle sur tableau de dissimilarité (AFTD) de 260 individus appartenant à 19 variétés nommées par les paysans de Wanté (Cameroun).Figure 2.Principal coordinate analysis of a genetic dissimilarity matrix among 260 sorghums belonging to 19 farmer varieties in Wanté (Cameroon).

Figure 3 Dendrogramme construit par la méthode Nearest-Joining montrant la structuration génétique de sorghos durra collectés dans trois régions/groupes ethniques du Niger.Figure 3.Nearest-Joining dendrogram showing the genetic structuration of durra sorghums from three regions/ethnical groups in Niger.Z : région Zarma-Songhaï ; H : région Haoussa ; K : région Kanuri.

Figure 4 Dendrogramme construit par la méthode Nearest-Joining montrant la structuration génétique de sorghos Guinea guineense collectés dans trois divisions administratives du Mali.Figure 4.Nearest-Joining dendrogram showing the genetic structuration of Guinea Guineense sorghums from three administrative divisions in Mali.


 

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