ARTICLE
Auteur(s) : Karim Kadri1, Hager
Snoussi1, Bennaceur
M’Barek1, Abdallah Ben
Abdallah1,2
1Laboratoire de biotechnologie et physiologie
végétale, Institut national de la recherche agronomique de Tunisie
(Inrat), 29, rue Hédi Karray, Ariana 2080, Tunisie
2UTF/NAM/004/NAM – FAO Project Date Production Support
Programme, P.O. Box 8697, Bachbrecht, Windhoek, Namibie
L’amandier (Prunus dulcis Mill.) originaire des montagnes
irano-afghanes, est un arbre d’une très grande importance
économique et nutritionnelle. Cette espèce occupe, à l’échelle
internationale, la troisième place après les agrumes et les pommes
[1].À l’heure actuelle, on assiste irrévocablement à un passage
d’un agrosystème forestier caractérisé par une dynamique
perpétuelle et une grande diversité phénotypique à un système
industriel reposant essentiellement sur une production
monovariétale. Cela crée divers problèmes qui ont un impact néfaste
sur l’équilibre environnemental. Par conséquent, la caractérisation
des cultivars d’amandiers, l’évaluation du potentiel tunisien,
ainsi que l’analyse de la diversité génétique des différents
cultivars revêt un intérêt considérable pour les actions visant à
la sauvegarde et à la conservation des ressources génétiques de
cette espèce.Dans cette optique, le présent travail a pour objet de
caractériser les cultivars d’une collection nationale tunisienne
d’amandiers en vue d’analyser la diversité génétique existante, en
utilisant comme outil d’analyse du polymorphisme les marqueurs
moléculaires de type RAPD (Random amplified polymorphic DNA) qui
est une variante de la technique PCR (Polymerase chain reaction).
Cette technique, qui a été proposée simultanément par Welsh et
McClelland [2] et Williams et al. [3], repose sur
l’amplification par PCR de segment d’ADN en utilisant une amorce de
petite taille (généralement 10 nucléotides), avec une séquence
nucléotidique arbitraire. L’avantage de cette technique par rapport
aux autres est qu’elle n’utilise que quelques nanogrammes d’ADN et
n’emploie pas la radioactivité ; de plus, elle ne nécessite
pas la connaissance préalable de la séquence de l’ADN matrice à
amplifier. L’objectif à long terme est la conservation et
l’amélioration du germoplasme des variétés tunisiennes d’amandier.
Matériel et méthode
Matériel végétal
L’échantillonnage a été fait sur deux collections d’amandiers,
l’une située au Centre de Ettawos (Institut de l’olivier de Sfax,
sud de la Tunisie) et l’autre appartenant au Groupement obligatoire
des viticulteurs et producteurs de fruits (GOVPF), situé à
Grombalia au nord de la Tunisie. Les deux collections comportent
des variétés locales et des variétés étrangères. Treize variétés
originaires des différentes régions de Tunisie et réputées pour
leur excellente qualité, leur productivité élevée et leur
résistance aux maladies cryptogamiques, ont été choisies pour cette
étude (tableau 1( Tableau 1 )).
Tableau 1 Les différentes variétés d’amandier
sélectionnées pour cette étude.Table 1. The different almond
varieties selected for this study.
|
Variétés
|
Relations parentales
|
Sources
|
Origine
|
|
’Blanco’
|
Greffage
|
GOVPFa
|
Tunisie
|
|
’Heuch ben smail’
|
Greffage
|
GOVPFa
|
Tunisie
|
|
’Khouki’
|
Greffage
|
GOVPFa
|
Tunisie
|
|
’Achaak’
|
Semi
|
Station Ettawsb
|
Tunisie
|
|
’Ksontni’
|
Semi
|
Station Ettawsb
|
Tunisie
|
|
’Zaaf’
|
Semi
|
Station Ettawsb
|
Tunisie
|
|
’Nonpareil’
|
Semi
|
Station Ettawsb
|
États-Unis (Californie)
|
|
’Mazzetto’
|
Greffage
|
GOVPFa
|
Lybie
|
|
’Ferragnes’
|
’Cristomorto’ x ’Ai’
|
Station Ettawsb
|
France (Inra, 1960)
|
|
’Ferraduel’
|
’Cristomorto’ x ’Ai’
|
GOVPFa
|
France (Inra, 1960)
|
|
’Lourane’
|
’Ferragnès’ x ’Tuono’
|
Station Ettawsb
|
France (Inra, 1978)
|
|
’Fakhfak’
|
Semi
|
Station Ettawsb
|
Tunisie
|
|
’Abiod Ras Jbel’
|
Greffage
|
GOVPFa
|
Tunisie
|
aGroupement obligatoire des viticulteurs et producteurs
de fruits à Grombalia, Tunisie.
bInstitut de l’olivier de Sfax, Tunisie.
Extraction de l’ADN total
L’ADN a été extrait à partir des feuilles. Nous avons opté pour le
protocole décrit par Aitchitt et al. [4], qui est une
combinaison de trois méthodes d’extractions, faisant intervenir le
CTAB (Cetyltrimethylammonium bromide, bromure
d’alkyltrimethylammonium). Ce même protocole a été adopté sur des
cultivars tunisiens de palmier dattier pour une caractérisation au
moyen de la technique AFLP (Amplified fragment length polymorphism)
[5].
Obtention des profils RAPD
Toutes les réactions RAPD ont été effectuées dans un milieu
réactionnel de 25 µL contenant 30 ng d’ADN génomique,
2,5 µL du tampon de l’enzyme de polymérisation 10X concentré
(0,1M Tris HCl, pH 9 ;
1,5 mm MgCl2 ; 0,5 M KCl),
20 pmol d’amorce, 2,5 µL de dNTPs (200 μM),
2 μL de MgCl2 (2,5 mM) et 1,5 U de Taq
polymérase à 5 U/μL (Promega, États-Unis). Les milieux
réactionnels contenus dans des tubes PCR ont été placés dans un
thermocycleur (Biometra Uno II), programmé pour effectuer
une prédénaturation à 94 °C pendant 5 min, suivie de
45 cycles comportant chacun une étape de dénaturation à
94 °C pendant 1 min, une étape d’hybridation des amorces
à 34 °C pendant 1 min et une étape d’élongation à
72 °C pendant 2 minutes. La dernière étape de la réaction
d’amplification consiste en une élongation finale à 72 °C
pendant 10 min. La présence d’un éventuel polymorphisme a été
détectée par migration des produits de PCR sur gel d’agarose à
1,8 % (migration 3 heures à 70 mA). Les gels ont été
colorés au bromure d’éthidium et photographiés sous lumière UV. La
taille des bandes obtenues a été estimée grâce au marqueur de poids
moléculaire 1Kb DNA Ladder (Promega, États-Unis).
Méthodes numériques et statistiques d’analyses des
résultats
Les différents profils RAPD obtenus ont été comparés entre
eux. La lecture visuelle des gels a permis de tracer une matrice
binaire 0/1 traduisant respectivement l’absence/présence de bandes
à chacun des allèles, pour chaque individu. À partir des
matrices binaires obtenues, et en appliquant la formule de Nei et
Li [6] relative au coefficient de Dice, des matrices de similarités
génétiques entre les différentes variétés d’amandier ont été
établies au moyen du programme SIMQUAL (Similarity for Qualitative
Data Program) dans le logiciel NTSYS-pc (The Numerical Taxonomy and
multivariate Analysis System for Personnel Computer), version 2.0.
Les analyses multivariées que nous avons utilisées étaient :
d’une part, l’analyse en composantes principales (ACP) qui est
fondée sur les corrélations pour transformer les variables de
départ, dans notre cas les marqueurs RAPD, en variables
synthétiques ou axes. Cette analyse permet ainsi de définir les
marqueurs qui contribuent le mieux à la description de la
structuration de la variabilité et d’obtenir une représentation
graphique de la projection des individus ou populations selon leur
ressemblance dans le plan des axes de l’ACP ; et d’autre part,
l’analyse factorielle des correspondances (AFC) qui a été décrite
comme étant une approche d’analyse appropriée dans le cas de
données qualitatives binaires, permettant ainsi l’étude descriptive
des données [7]. L’AFC repose sur le calcul de la distance de
χ2 à partir d’un tableau disjonctif complet qui comporte
l’ensemble des données portant sur des individus [8]. À partir
des projections d’une AFC, il est possible de déterminer quelles
sont les variables qui interviennent dans la structuration des
données et qui caractérisent les populations grâce à la
superposition de la représentation graphique des variables à celle
des populations.
Ces analyses AFC ont été effectuées à l’aide du programme
Digital Equipment Corporation – Open VMS AXP (version 6.2), contenu
dans le logiciel SAS « Statistical Analysis System » [9].
L’ensemble de ces analyses a été réalisé au Centre interrégional
d’informatique et d’automatisme (Ciria) de la faculté des sciences
de Tunis.
Résultats
Analyse numérique des profils RAPD
Les différentes variétés d’amandier ont été analysées avec un total
de 50 amorces, parmi lesquelles 11 n’ont donné aucun
amplimère, quel que soit le cultivar analysé et 16 amorces ont
généré des amplifications variables avec seulement quelques-uns des
cultivars. Sur les 13 amorces ayant produit des bandes
reproductibles et intenses, 10 ont permis de générer un très grand
nombre de bandes polymorphes (( figure 1 )) et ont
donc été utilisées dans le reste de l’étude (tableau 2( Tableau 2 )).
Un total de 137 bandes reproductibles a été obtenu lors des
amplifications utilisant les 10 amorces retenues ;
85 bandes seulement étaient polymorphes (soit 62 % de la
totalité des bandes), la moyenne des bandes polymorphes par
génotype étant de 4,76 %. Environ 80 % des bandes
présentaient une taille comprise entre 0,5 et 3 Kb ;
12 % avaient une taille inférieure à 0,5 Kb et 8 %
une taille supérieure à 3 Kb.
La moyenne des bandes reproductibles par amorce était de
13,7 bandes, avec 8,5 bandes reproductibles en moyenne
pour les bandes polymorphes. La moyenne totale des bandes
polymorphes par amorce était de 4 %.
Similarités génétiques
Les coefficients de similarités génétiques varient entre 0,52 et
0,81 avec une moyenne de 0,68. Les similarités les plus élevées
sont observées entre les combinaisons variétales suivantes
(Nonpareil [N] – Achaak [A] : 0,8020),
(Nonpareil [N] – Zaaf [Za] : 0,8085) et
(Khouki [K] – Lourane [L] : 0,8135). Les similarités
les plus faibles ont été obtenues avec les combinaisons (Mazetto
[Mz] - Heuch Ben Samil [HB] : 0,5274) et
(Mazetto [Mz] – Ferragnes [Fg] : 0,5454).
Tableau 2 Amorces RAPD sélectionnées, nombre de
fragments amplifiés et polymorphes obtenus pour chaque
amorce.Tableau 2. RAPD primer sequences used for the screening of
the 13 accessions, scorable and polymorphic fragments obtained for
each primer.
|
Amorces
|
Séquence 5’ ---3’
|
Nombre de fragments amplifiés
|
Nombre de fragments polymorphes
|
|
OPA -03
|
AGTCAGCCAC
|
15
|
9
|
|
OPA -08
|
GTGACGTAGG
|
11
|
8
|
|
OPE - 06
|
AAGACCCCTC
|
14
|
9
|
|
OPE -07
|
AGATGCAGCC
|
15
|
10
|
|
OPP-08
|
ACATCGCCCA
|
15
|
9
|
|
OPB -01
|
GTTTCGCTCC
|
9
|
6
|
|
OPL -11
|
ACGATGAGCC
|
16
|
9
|
|
OPG –04
|
AGCGTGTCTG
|
14
|
8
|
|
OPI -18
|
TGCCCAGCCT
|
13
|
8
|
|
OPH - 04
|
CTGCATCGTG
|
15
|
9
|
|
Total
|
|
137
|
85
|
Analyse en composantes principales
La matrice des données (matrice des similarités génétiques) a été
traitée par une analyse en composantes principales (ACP) grâce au
logiciel SAS [9]. Il en ressort que les trois composantes absorbent
55,1 % de l’inertie totale, ce qui montre que les marqueurs de
type RAPD peuvent être efficaces dans la description de la
variabilité chez ces variétés. Les proportions ainsi que les
variables qui définissent chaque axe sont représentées dans le
tableau 3( Tableau 3 ). La
projection des variétés dans le plan défini par les axes 1
et 2 (( figure 2 )), aboutit à
des résultats qui sont plus ou moins similaires. Une agglomération
de la presque totalité des variétés forme un nuage à partir duquel
Blanco [B], Heuch ben smail [HB] et Mazetto [Mz], se
différencient significativement des autres. En effet, les deux
premières variétés corrèlent positivement avec l’axe 1, alors
que la variété Mazetto [Mz] corrèle positivement avec
l’axe 2. En tenant compte de la composante 1, il est à
noter que cette représentation permet d’opposer les variétés
Blanco [B], Houch ben smail [HB] aux variétés
Ferragnes [Fg] et Ferraduelle [Fe], reflétant ainsi les
faibles coefficients de similarité génétique obtenus entre ces
variétés.
La représentation graphique de la projection de l’ensemble des
variétés dans les plans définis par l’axe 1 et l’axe 3 de
l’ACP montre que la majorité des variétés impliquées ne se
distinguent pas significativement les unes des autres et forment
une agglomération qui se définit par la partie négative des deux
axes. Cependant les variétés Blanco [B], Heuch ben
smail [HB] et Mazetto [Mz], semblent se détacher de
l’ensemble des variétés, particulièrement par rapport à
l’axe 1 qui absorbe le maximum de variabilité.
La projection des variétés dans le plan défini par les
axes 2-3 de cette analyse en composantes principales a montré
que, dans la majorité des cas, les variétés sont regroupées entre
elles avec un détachement assez significatif pour la variété
Mazetto [Mz], qui corrèle positivement avec l’axe 2 et
les variétés Ksontini [Ks] et Fakhfak [Fa] du côté
positif de l’axe 3.
Tableau 3 Définition des axes et absorption de
l’inertie de l’analyse en composantes principales basée sur les
marqueurs RAPD sur l’ensemble des variétés tunisiennes
d’amandier.Table 3. Definition of the axes and absorption of the
Principal Component Analysis inertia based on the RAPD markers for
the whole set of the Tunisian almond-tree varieties.
|
Composante
|
1
|
2
|
3
|
|
% Inertie
|
22,84
|
17,43
|
14,83
|
|
% Cumulé
|
22,84
|
40,28
|
55,12
|
|
Définition des axes
|
OPI18-06 (+ 0,1637)
|
OPE07-14 (+ 0,2076)
|
OPP08-01 (+ 0,2222)
|
|
par les variables
|
OPI18-07 (+ 0,1601)
|
OPL11-01 (+ 0,2078)
|
OPP08-04 (+ 0,2237)
|
|
OPI18-11 (+ 0,1658)
|
OPL11-02 (+ 0,2085)
|
OPP08-06 (+ 0,2233)
|
|
OPG04-01 (+ 0,1626)
|
OPL11-05 (+ 0,2046)
|
OPP08-08 (+ 0,2225)
|
|
OPG04-03 (+ 0,1650)
|
OPL11-09 (+ 0,2042)
|
OPP08-09 (+ 0,2170)
|
|
OPG04-05 (+ 0,1687)
|
OPL11-14 (+ 0,2030)
|
OPP08-13 (+ 0,2166)
|
|
OPG04-06 (+ 0,1658)
|
OPL11-15 (+ 0,2070)
|
OPP08-14 (+ 0,2184)
|
|
OPG04-09 (+ 0,1673)
|
OPL11-16 (+ 0,2060)
|
|
|
OPG04-11 (+ 0,1667)
|
|
|
|
OPG04-14 (+ 0,1684)
|
|
|
Analyse factorielle des correspondances
Ce type d’analyse permet de caractériser des populations ou des
groupes de population à l’aide des fréquences alléliques. C’est une
technique qui consiste à faire une projection sur les mêmes axes
des populations et des marqueurs RAPD et à déceler les principales
bandes associées à la structure révélée. Dans ce travail, les
13 variétés constituent une population dans laquelle chaque
variété correspond à un individu.
Le traitement des données par l’AFC utilisant le programme SAS
[9] a montré que les trois premières dimensions absorbent
60,6 % de l’inertie totale, ce qui représente un taux
d’absorption élevée et traduit l’efficacité de ces marqueurs dans
la description de la variabilité génétique chez les variétés
d’amandier étudiées. La définition et l’absorption de la
variabilité par les dimensions (variables synthétiques) de l’AFC
sont résumées dans le tableau 4( Tableau
4 ).
Tableau 4 Définition et absorption de la variabilité
par les dimensions (variables synthétiques) de l’analyse
factorielle des correspondances à partir de la matrice des
données.Table 4. Definition and absorption of the variability by
the measurements (synthetic variables) of the Factorial
Correspondance Analysis from the data matrix.
|
Dimension de l’AFC
|
1
|
2
|
3
|
|
% Inertie
|
23,24
|
19,79
|
17,61
|
|
% Cumulé
|
23,24
|
43,04
|
60,64
|
|
Variétés contribuant à la définition des dimensions de l’AFC
(variables synthétiques)
|
Achaak (+ 0,251)
|
Mazetto (- 1,429)
|
Ksontini (- 1,135)
|
|
Blanco (- 1,091)
|
|
Abiod.de Ras.Jbel (+ 1,307)
|
|
Fakhfak (+ 0,212)
|
|
|
|
Ferraduelle (+ 0,090)
|
|
|
|
Ferragnes (+ 0,614)
|
|
|
|
Houch Ben Smail (- 1,078)
|
|
|
|
Khouki (+ 0,195)
|
|
|
|
Lourane (+ 0,300)
|
|
|
|
Nonpareil (+ 0,228)
|
|
|
|
Zaaf (+ 0,177)
|
|
|
|
Marqueurs RAPD contribuant à la définition des dimensions de
l’AFC (variables synthétiques)
|
OPI18-01 (- 1,240)
|
OPP08 -04 (+ 1,602)
|
OPP08-06 (+ 1,228)
|
|
OPI18-06 (- 1,160)
|
OPL11-11 (- 1,379)
|
OPP08-08 (+ 1,245)
|
|
OPI18-13 (- 1,219)
|
OPL11-12 (- 1,180)
|
OPB01-01 (+ 1,379)
|
|
OPG04-01 (- 1,315)
|
OPP08-14 (+ 1,336)
|
OPB01-02 (+ 1,282)
|
|
OPG04-05 (- 1,501)
|
OPL11-03 (- 1,293)
|
OPB01-03 (+ 1,829)
|
|
OPG04-07 (- 1,209)
|
OPL11-05 (- 1,305)
|
OPB01-04 (+ 1,534)
|
|
OPG04-08 (- 1,140)
|
OPL11-10 (- 1,616)
|
OPB01-05 (+ 1,710)
|
|
OPG04-14 (- 1,335)
|
OPL11-14 (- 1,861)
|
OPP08-13 (- 1,258)
|
|
OPG04-02 (- 1,174)
|
OPL11-16 (- 2,117)
|
OPE06-07 (+ 1,240)
|
Discussion
Plusieurs facteurs peuvent affecter le nombre de bandes obtenues à
l’issue des amplifications, à savoir : la variété étudiée, le
nombre de génotypes comparés, les séquences des amorces ainsi que
des variations mineures dans les protocoles d’amplification. Ce
dernier facteur affecte généralement la reproductibilité. Par
comparaison avec d’autres travaux portant sur l’étude du
polymorphisme moléculaire par le biais des marqueurs RAPD, la
moyenne des bandes polymorphes par amorce était de 4 % chez
17 cultivars d’amandier italiens [10], 4,7 % chez
15 cultivars d’amandier portugais [11], 5 % chez
25 variétés de pommiers [12]. Nos résultats, qui révèlent un
niveau de polymorphisme du même ordre que celui obtenu au sein
d’autres variétés d’amandier dans d’autres pays (62 % chez les
13 cultivars tunisiens d’amandier), suggèrent que les
marqueurs de type RAPD sont potentiellement utiles pour la
caractérisation des variétés d’amandier en Tunisie.
Les coefficients de similarités génétiques présentent un
intervalle qui traduit une forte convergence génétique et montre
que les variétés étudiées constituent des groupes étroitement liés.
En fait, ces résultats sont presque similaires à ceux de Martins
et al. [11] qui obtenaient un intervalle de similarités
génétiques variant entre 0,65 et 0,97 (moyenne 0,73) chez
15 cultivars d’amandier d’origine portugaise, en utilisant le
même coefficient de similarité de Dice (SD). De même,
les 17 cultivars d’amandier d’origine italienne analysés par
Resta et al. [10] présentaient des similarités génétiques
variant entre 0,64 et 0,94. Bartolozzi et al. [13] ont
également obtenu des similarités variant entre 0,62 et 1,0 chez
20 cultivars d’amandiers d’origine américaine.
Tous ces résultats militent en faveur du fait que les cultivars
d’amandier sont génétiquement proches, étant donné que les indices
de similarités génétiques sont pour leur majorité proches de 1.
Le résultat trouvé chez les variétés qui présentent les
similarités les plus élevées suggère que ces dernières constituent
des groupes étroitement liés. Cette similarité pourrait être due au
mode de multiplication par semis suivi par les agriculteurs de la
région (Centre Ettawos, Sfax), qui favorise l’homogénéité génétique
de l’ensemble de ces variétés (autochtones et étrangères), en dépit
de leur origine. Le résultat trouvé chez les variétés qui
présentent les similarités les plus faibles traduit une certaine
divergence entre ces variétés. Cette divergence peut être expliquée
par le mode de multiplication par greffage adopté par les
agriculteurs de la région du nord (GOPVF de Grombalia).
Analyse multivariée
Les résultats montrés par l’ACP suggèrent que l’axe 1 est la
composante qui permet de distinguer significativement les variétés
Blanco [B] et Heuch ben smail [HB]. Ces variétés semblent
être caractérisées par les marqueurs RAPD corrélant avec la
composante 1. En revanche, la variété Mazetto [Mz] serait
caractérisée par les marqueurs qui définissent la
composante 2. L’axe 3 a permis la discrimination
significative des variétés Ksontini [Ks] et Fakhfak [Fa]
dans sa partie positive. Notons que la variété Mazetto [Mz],
en se détachant légèrement des autres selon toutes les projections
analysées, semble être caractérisée par les marqueurs RAPD qui
définissent les trois axes de cette ACP.
L’analyse en composantes principales, réalisée à partir des
fréquences de la présence des fragments RAPD chez différentes
variétés, montre une distinction qui est plus ou moins importante
entre ces variétés. Elle témoigne notamment de convergences
génotypiques importantes et traduit l’existence de flux de gènes
élevés entre les variétés Achaak [A] et Zaaf [Za]. La
variété Mazetto [Mz] fait exception : elle paraît
relativement éloignée dans les trois plans et montre une divergence
génétique assez importante. Ces résultats confirment l’hypothèse
émise par Resta et al. [10] concernant l’absence de l’effet
d’éloignement géographique dans la structuration de la variabilité.
En effet, la majorité des variétés se regroupent pour former un
agglomérat en dépit de leur éloignement géographique.
La représentation graphique de la projection des variétés et des
marqueurs dans les plans définis par les dimensions 1, 2
et 3 prises deux à deux, montre des agglomérats de l’ensemble
des données (variétés et marqueurs) de part et d’autre des axes qui
définissent chaque plan de l’AFC.
Par ailleurs, la projection des individus selon le plan de l’AFC
défini par les axes 1 et 2 (( figure 3 )), montre la
séparation des variétés Ferragnes [Fg], Houch ben
smail [HB] et Zaaf [Za] des autres variétés selon la
partie négative de l’axe 1. Cependant, des superpositions des
marqueurs avec ces variétés sont observées. C’est le cas des
marqueurs OPA08-01, OPA08-07, OPG04-08, OPG04-06 et OPG04-03 qui
caractérisent les variétés Heuch ben smail [HB], d’une part,
et des marqueurs OPI18-12, OPI18-2, OPI18-05, OPI18-06 et OPI18-09
qui définissent la variété Zaaf [Za], d’autre part. Les
variables OPG04-01, OPG04-02, OPG04-14, OPG04-12 et OPI18-03
corrèlent négativement avec la variété Ferragnes [Fg].
La structuration observée avec l’AFC confirme celle obtenue avec
l’ACP. Notons que des résultats similaires ont été obtenus par
Martins et al. [11], qui ont analysé avec des marqueurs RAPD
la diversité génétique de cultivars d’amandier issus de différentes
origines géographiques. Dans leurs travaux, ces auteurs ont pu
démontrer que les cultivars testés constituent des groupes
d’affinités génétiques indépendamment de leur origine géographique
et de la qualité de leurs fruits.
Conclusion
Au cours de cette étude nous avons utilisé des outils moléculaires
pour caractériser des variétés tunisiennes d’amandier. L’analyse en
composantes principales (ACP) réalisée sur les fréquences
d’apparition des bandes RAPD chez les variétés étudiées, a
montré que la majorité des variétés paraissent relativement
proches. Ces résultats seraient en faveur de l’hypothèse stipulant
l’existence d’un flux génique entre ces variétés et reflètent les
ressemblances morphologiques.
La structuration de la variabilité génétique a également été
étudiée par l’analyse factorielle des correspondances (AFC). Cette
analyse a abouti à des résultats similaires à ceux obtenus par
l’ACP. Elle a montré que la majorité des variétés sont
chevauchantes à quelques exceptions près. L’extension de l’étude à
d’autres variétés ou autres génotypes et l’utilisation d’un plus
grand nombre d’amorces permettraient de confirmer et de valider la
structuration obtenue.
L’ensemble des résultats issus de cette analyse montre que la
technique d’amplification par RAPD constitue une approche
informative de la diversité génétique chez les variétés tunisiennes
d’amandier. Les résultats obtenus, bien que préliminaires,
apportent des éléments d’informations ouvrant des pistes pour une
exploration plus approfondie de la diversité génétique et des
relations entre les cultivars tunisiens d’amandier. Ces données
pourraient permettre d’explorer les relations phylogénétiques entre
les variétés sans pour autant refléter les processus évolutifs chez
cette espèce.
Références
1 Grasselly C, Duval H. L’amandier. Paris : Centre technique
interprofessionnel des fruits et legumes (CTIFL), 1997.
2 Welsh J, Mc Celland M. Fingerprinting genomes using
PCR with arbitrary primers. Nucleic Acids Res 1990 ; 18 :
7213-8.
3 Williams JGK, Kubelik AR, Livac KJ,
Rafalski JA, Tinge SV. DNA polymorphisms amplifies by
arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Res
1990 ; 22 : 6531-5.
4 Aichitt M, Aisworth CC, Thangavelu M. A rapid
and efficient method for the extraction of total DNA from mature
leaves of the data palm (Phoenix dactylifera L.). Plant Mol Biol
Rep 1993 ; 11 : 317-9.
5 Snoussi H. Génotypage d’individus apomictiques chez le palmier
datier (Phoenix dactylifera L.) au moyen de la technique AFLP. DEA,
faculté des sciences agronomiques de Gembloux, Belgique, 2000
6 Nei M, Li WH. Mathematical model for studying
genetic variation in terms of restriction endonucleases. Proc Natl
Acad Sci USA 1979 ; 76 : 5269-73.
7 Boursiquot JM, Faber MP, Blachier O,
Truel P. Utilisation et traitement statistique d’un fichier
ampélographique. Agro 1987 ; 7 : 13-20.
8 Jumbo M. Exploration informatique de données.
Paris : Ed Dunod, 1989.
9 SAS Institute. SAS user’s guide. Version 6, Fourth Edition.
Cary (North Carolina) : SAS Institute Inc., 1990.
10 Resta P, Ferrara G, Fanizza G,
Palasciano A, Godini A. Random amplified DNA polymorphism
of almond (Amygdalus communis L.) cultivars in Apulia. Proc :
“X GREMPA seminar”, Meknès, Morocco, 14-17 /10/1996. Cahier Opt Med
1998 ; 33 : 11-8.
11 Martins M, Tenreiro R, Oliveira MM. Genetic
relatedness of Portuguese almond cultivars assessed by RAPD and
ISSR markers. Plant Cell Rep 2003 ; 22 : 71-8.
12 Landry B, Li R, Cheung W, Granger R.
Phylogeny analysis of 25 apple rootstocks using RAPD markers and
tactical gene tagging. Theor Appl Genet 1994 ; 89 :
847-52.
13 Bartolozzi N. Random amplified DNA polymorphisms in Amygdalus
communis L. Second International Symposium on Pistachios and
Almond, August 24-291997, Davis, USA. Acta Hortic 1998 ;
(470) : 82–90.
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