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La publication de catalogues de collections d’échantillons biologiques par les tumorothèques

Bulletin du Cancer. Volume 97, Numéro 2, 181-9, février 2010, Synthèse

DOI : 10.1684/bdc.2009.0963

Résumé

Summary

Auteur(s) : C Chabannon, A Honstettre, L-M Daufresne, P-M Martin, C Bonnetaud, I Birtwisle-Peyrottes, S Romain, K Achache, O Mery, O Bordonne, C Ducord, L Jacotot, P Vaglio, C d’Arnoux, D Figarella-Branger, P Hofman, J-P Borg, V Atger , Institut Paoli-Calmettes, tumorothèque, centre de ressources biologiques en oncologie, F-13009 Marseille, France, Coordination du Cancéropôle PACA, F-13005 Marseille, France, Assistance publique-Hôpitaux de Marseille (AP-HM), tumorothèque, Marseille, F-13005, France, CHU de Nice, tumorothèque commune CHUN-CAL, Nice, F-06000, France, Centre Antoine-Lacassagne, tumorothèque commune CHUN-CAL, Nice, F-06189, France, Modul-Bio SAS, Marseille, F-13009, France.

Résumé : Les biobanques en général, les tumorothèques en particulier sont considérées comme des outils essentiels pour le développement de projets scientifiques en biologie et en cancérologie. Le travail des biobanques consiste à organiser la collecte et la conservation d’échantillons biologiques, puis de réunir à ces échantillons des informations permettant secondairement leur usage pour un projet scientifique (requalification des échantillons en ressources biologiques). Une collection est constituée d’une série d’échantillons requalifiés et représentatifs d’un groupe homogène de personnes ou de patients définis par des critères cliniques et biologiques. L’usage des collections nécessite de faire connaître leur existence \; en l’absence de catalogue publié, cette connaissance est souvent limitée aux équipes scientifiques géographiquement proches de la tumorothèque ou qui ont déjà établi des collaborations scientifiques avec les équipes médicales de l’hôpital hôte de la tumorothèque. La publication de catalogues, en particulier numérisés, offre l’opportunité de développer des coopérations scientifiques avec de nouvelles équipes, à plus grande échelle et multicentriques. En outre, en obligeant les tumorothèques à formaliser la procédure conduisant à la publication des collections, et donc en amont la démarche de requalification des échantillons en ressources biologiques, l’existence des catalogues devrait conduire à une amélioration globale de la qualité des échantillons et des annotations associées. Les catalogues de biobanques et de tumorothèques restent relativement peu nombreux à ce jour \; plusieurs initiatives récentes démontrent leur faisabilité, valident le concept de « l’interopérabilité des tumorothèques » et interrogent déjà sur les règles de publications des collections. Les bénéfices réels devront donc être mesurés et confrontés aux avantages attendus.

Mots-clés : cancer, collections, recherche, tumorothèque

Illustrations

ARTICLE

Auteur(s) : C Chabannon^1,2, A Honstettre¹, L-M Daufresne¹, P-M Martin³, C Bonnetaud⁴, I Birtwisle-Peyrottes⁵, S Romain³, K Achache³, O Mery¹, O Bordonne⁴, C Ducord², L Jacotot⁶, P Vaglio⁶, C d’Arnoux^1,3, D Figarella-Branger³, P Hofman⁴, J-P Borg², V Atger²

¹Institut Paoli-Calmettes, tumorothèque, centre de ressources biologiques en oncologie, F-13009 Marseille, France
²Coordination du Cancéropôle PACA, F-13005 Marseille, France
³Assistance publique-Hôpitaux de Marseille (AP-HM), tumorothèque, Marseille, F-13005, France
⁴CHU de Nice, tumorothèque commune CHUN-CAL, Nice, F-06000, France
⁵Centre Antoine-Lacassagne, tumorothèque commune CHUN-CAL, Nice, F-06189, France
⁶Modul-Bio SAS, Marseille, F-13009, France

Article reçu le 24 Juin 2009, accepté le 25 Septembre 2009

Contexte médical et scientifique pour l’activité des tumorothèques

Dans son numéro spécial pour l’année 2009, le magazine américain Time a retenu les « biobanques » comme l’une des dix initiatives susceptibles de changer le monde prochainement. Cependant, le concept de biobanque est souvent insuffisamment défini, avec en particulier une confusion entre les infrastructures (désignées par le suffixe « …banque ») et le patrimoine biologique qu’elles contribuent à constituer et à distribuer (désigné par le suffixe « …thèque », la bibliothèque des échantillons biologiques). Un des objectifs de cet article est de contribuer à éclaircir les concepts et les réalisations derrière les mots, en se concentrant sur le domaine des tumorothèques (le mot de « tumorobanque » n’a pas été consacré par l’usage !), outils essentiels à la réalisation de projets de recherche clinique ou translationnelle en oncologie. Les contraintes de fonctionnement des tumorothèques les conduisent naturellement aujourd’hui à mettre en commun leurs ressources pour contribuer à la conduite de certains projets scientifiques à grande échelle et à développer des outils de mutualisation dont les catalogues numérisés.

Les biobanques qui collectent, conservent et distribuent des échantillons d’origine humaine sont un cas particulier des biobanques ; le concept de biobanque recouvre l’ensemble des infrastructures destinées à la collecte, à la conservation et à la distribution de matériel biologique : micro-organismes, espèces végétales, animales, modèles animaux et, bien sûr, échantillons d’origine humaine. Les biobanques hmaines peuvent schématiquement être distinguées en biobanques spécialisées dans l’épidémiologie (population-based) et en biobanques (thématisées) organisées par pathologies [1], même si certaines utilisent une infrastructure commune pour poursuivre ces deux objectifs ; les biobanques thématisées peuvent également concerner des patients faisant l’objet d’une prise en charge particulière : transplantation d’organes, de cellules, de tissus, etc. ; c’est le modèle mis en œuvre par les industriels de la santé qui constituent des collections et des biobanques en collectant des échantillons dans le cadre de la conduite de recherches biomédicales évaluant leurs nouveaux médicaments ou dispositifs médicaux. Les biobanques épidémiologiques, souvent de grande taille et parfois développées à l’échelle d’une ou plusieurs nations, font appel à des cohortes d’individus — souvent indemnes de pathologie à l’heure où le projet scientifique est élaboré — qui font l’objet de prélèvements obtenus généralement par des actes infirmiers ou médicaux peu invasifs ; les échantillons biologiques issus de ces prélèvements peuvent être facilement centralisés et donc enregistrés dans un inventaire informatique unique [2-4]. À l’inverse, les biobanques organisées par pathologies collectent des échantillons biologiques obtenus au cours d’actes de prélèvement justifiés par les soins, et qui peuvent donc être des actes invasifs : chirurgie, biopsie, ponction, etc. produisant des spécimens tissulaires ou cellulaires destinés prioritairement à établir un diagnostic, un pronostic et à contribuer au traitement de l’affection soupçonnée chez les patients concernés. En conséquence, les biobanques thématisées concernent un nombre beaucoup plus restreint d’individus, représentatifs du recrutement d’un établissement hospitalier. Les tumorothèques sont un exemple de biobanques thématisées, constituées dans le cadre des soins apportés à des individus avec un diagnostic de cancer ou suspects d’être atteints, ou prédisposés à un cancer. Le Bulletin du Cancer a illustré, dans un précédent numéro, ce que peut être une tumorothèque qui se spécialise pour proposer des outils et des services au profit de projets de recherche concentrés sur un groupe de pathologies néoplasiques [5].

À l’inverse des biobanques spécialisées dans l’agroalimentaire ou dans la microbiologie, les biobanques humaines recueillent des spécimens et des échantillons biologiques pour la plupart non « réplicables » : leur « modèle économique » est donc très différent, visant à une utilisation optimale et « parcimonieuse » — y compris par l’usage de produits dérivés comme l’ADN ou l’ARN — de ressources considérées comme rares, et dont la diversité permet d’étudier le lien entre les polymorphismes humains, les anomalies cellulaires ou moléculaires des tissus pathologiques et l’incidence, l’histoire naturelle ou le pronostic des maladies.

L’usage de quantités toujours plus grandes d’informations — de nature clinique ou biologique — pour définir des groupes homogènes de patients a conduit à revisiter la nosologie des grandes familles de pathologies. Une des conséquences en est « l’éclatement » de maladies autrefois considérées comme une en une myriade de « maladies orphelines » : le cancer représente un exemple de cette situation ; à titre d’illustration, aucune équipe ne prétend plus aujourd’hui travailler sur « le cancer du sein » dans sa globalité ; au contraire, chaque projet va se concentrer sur un sous-groupe de cancers du sein caractérisés par la présence ou l’absence d’un marqueur ou d’un groupe de marqueurs. La représentation de chacune de ces « maladies orphelines » au sein d’une tumorothèque opérant dans un environnement géographique restreint, avec un recrutement de patients limité, y compris dans les établissements hospitaliers les plus importants, est donc faible ; cette « rareté » est aggravée par la relative inefficience du processus de requalification pour la recherche du reliquat d’un spécimen initialement obtenu pour le soin, compte tenu des exigences à réunir : spécimen de taille suffisante, qualité de l’échantillon (proportion de cellules ou de tissus tumoraux par rapport à son environnement, proportion de cellules nécrotiques, etc.), absence d’opposition du patient à un usage scientifique de « ses » échantillons, capacité de la biobanque à réunir et à associer à chaque échantillon des annotations dynamiques abondantes et de qualité, etc.

À l’inverse, des projets scientifiques de plus en plus ambitieux voient le jour, dont l’objectif est d’analyser des échantillons représentatifs de groupes homogènes de patients avec des techniques d’analyses moléculaires à haut débit [6]. Des exemples de ces initiatives sont les projets Human Cancer Genome [7, 8], The Cancer Genome Atlas (TCGA) [9] ou l’International Cancer Genome Consortium (ICGC ; http://www.icgc.org), dont les objectifs sont de réunir des collections de grande taille, représentatives des principales formes de cancers humains.

Ces deux tendances opposées : la faible représentation au sein de chaque biobanque d’un groupe homogène de patients défini par un grand nombre de critères cliniques et biologiques et le besoin exprimé par les scientifiques d’avoir accès à des collections avec un nombre significatif d’échantillons amènent à considérer que les biobanques devront dans l’avenir fédérer leurs efforts pour « alimenter » de tels projets, dans le cadre de réseaux se développant au-delà de leur aire historique et locale d’influence médicoscientifique [10]. Cela implique de pouvoir réunir, en une seule collection, des échantillons provenant de plusieurs biobanques géographiquement distinctes et distantes, mais représentatifs du même groupe homogène de patients [11].

Inventaires des biobanques et tumorothèques

Les biobanques disposent d’inventaires qui leur permettent de connaître les échantillons conservés et d’en tracer les entrées et les sorties. La qualité de ces inventaires dépend, à la fois, de la qualité générale des systèmes d’information déployés dans les établissements hospitaliers au sein desquels opèrent les tumorothèques et des ressources humaines dont disposent directement ou indirectement les responsables de tumorothèques pour assurer la collecte et l’actualisation des annotations associées aux échantillons. Plusieurs éditeurs de logiciels — dont l’un au moins : Tumorotek^® est distribué à titre non lucratif — proposent aujourd’hui des produits permettant de gérer un inventaire informatisé ; leur déploiement n’a pas résolu le second problème : le travail de ressaisie des données sources — souvent issues du dossier médical des patients — et d’actualisation, et de contrôle de qualité sur les annotations nécessite des ressources humaines qui correspondent à celles déployées par les bureaux d’études cliniques académiques ou privés (Clinical Research Organisations [CRO]) dans le monitorage des études de recherche biomédicale ; ces ressources apparaissent aujourd’hui cruellement insuffisantes au sein des structures hospitalières qui hébergent et assurent le fonctionnement des biobanques d’échantillons biologiques humains en général et des tumorothèques en particulier. Ce travail de ressaisie et de contrôle de qualité des annotations est d’autant plus laborieux qu’il doit être conduit de façon rétrospective, dans un environnement hospitalier où n’existe pas systématiquement un dossier médical commun, encore moins un dossier médical commun informatisé avec une grande antériorité. Dans un délai encore difficile à définir précisément, ces tâches seront éventuellement réduites par la généralisation du déploiement des dossiers médicaux informatisés, la structuration des documents clés de ce dossier, comme les comptes rendus anatomocytopathologiques ou les comptes rendus des Réunions de concertation pluridisciplinaires (RCP), permettant l’extraction automatique de données médicales essentielles valorisables pour la recherche et la mise en place « d’entrepôts de données médicales » autorisant la construction de requêtes et l’édition de thésaurus d’annotations spécifiques pour chaque projet scientifique. Enfin, l’impossibilité d’utiliser en France un numéro unique d’identification des personnes physiques [12] rend plus difficile la réunion d’échantillons provenant d’un même individu, mais obtenus lors d’actes de soins effectués à des dates différentes et dans des établissements hospitaliers différents.

Catalogues des collections de ressources biologiques

Pour pouvoir associer des ressources et fédérer les efforts de plusieurs biobanques pour contribuer à un projet scientifique, il est nécessaire de rendre publique l’existence des collections : les collections vont pouvoir être constituées à partir de l’inventaire des échantillons biologiques individuels de chaque tumorothèque, en y incluant ceux parmi les échantillons qui ont pu — au terme d’une période de « quarantaine » — satisfaire aux critères prédéfinis de requalification en « ressources biologiques » ; a minima, les critères de requalification incluent l’absence de non-conformité lors de la réception initiale à la tumorothèque du spécimen prélevé (identification, intégrité, transport), le respect du procédé de transformation et de conservation des échantillons, la documentation de l’absence d’opposition de la personne prélevée pour l’usage de « ses » échantillons à des fins scientifiques et l’existence ou l’accès possible à des informations cliniques et biologiques incluant au moins un diagnostic histopathologique précis. La figure 1 illustre les différentes étapes conduisant à la constitution de collections au sein des tumorothèques. Les collections publiées dans les catalogues — ou banques virtuelles [13] — ne représentent donc qu’une fraction des échantillons biologiques reçus, transformés et conservés par les biobanques et les tumorothèques, une fraction qui apparaît souvent désespérément faible [6, 14, 15] au regard du nombre de personnes prélevées ; la confusion souvent entretenue par les responsables des tumorothèques, entre leur inventaire et leur catalogue, et l’anticipation insuffisante de la faible proportion des échantillons requalifiés ou requalifiables par les responsables de projets d’analyses génomiques à grande échelle, a d’ailleurs conduit à des retards significatifs dans la poursuite de ces projets [15].

Les fonctions des catalogues sont multiples. En premier lieu, les catalogues constituent un outil de recherche et d’identification de collections d’échantillons biologiques potentiellement informatifs pour un projet de recherche défini ; les équipes scientifiques vont pouvoir requêter un catalogue — idéalement en ligne — pour identifier les ressources dont elles ont besoin au sein d’une ou plusieurs biobanques ou tumorothèques. Les catalogues constituent également un outil de communication à destination de plusieurs communautés :

– la communauté des patients et des individus qui sont sollicités pour donner leur accord — ou à tout le moins pour ne pas s’opposer — à l’utilisation à des fins scientifiques d’échantillons biologiques obtenus dans le cadre des soins (de ce point de vue, il est important d’expliquer dans quelles conditions les échantillons seront ou ne seront pas utilisés à des fins scientifiques et comment la confidentialité et le respect de la vie privée seront assurés) ;
– la communauté médicale qui est sollicitée dans son ensemble et dans sa diversité pour contribuer à augmenter les collections mises à disposition des chercheurs ;
– la communauté scientifique destinataire et utilisatrice finale des collections dans le cadre d’un projet contractualisé avec l’institution hôte de la biobanque.

La construction de catalogues nécessite de pouvoir extraire une partie des annotations de l’inventaire de chacune des tumorothèques participantes, pour ensuite les réunir au sein d’une base de données unique : c’est le concept de « l’interopérabilité » des tumorothèques. Cela présuppose qu’un format d’échanges ait été défini : le thésaurus des informations permettant l’interopérabilité des tumorothèques a été publié sous forme de recommandations par l’INCa, en 2006 (Mise en réseau informatisé des tumorothèques. Recommandations pour l’interopérabilité des systèmes d’information des tumorothèques ; http://www.e-cancer.fr), au terme d’un long travail de gestation mené d’abord au sein d’un groupe d’experts constitué par la Dhos, puis relayé par un second groupe constitué par l’INCa. Ce « plus petit dénominateur commun » ou core dataset a permis l’élaboration d’outils informatiques tels que celui mis à disposition des Cancéropôles Provence-Alpes-Côte d’Azur (PACA) et Grand Sud-Ouest (GSO) par la société ModulBio. La même démarche a été utilisée pour l’élaboration du catalogue mis en place dans le cadre du Programme national d’excellence spécialisé (PNES) poumon (http://www.e-cancer.fr/Recherche/recherche-cognitive-transfert/page4/op_1-ta_-id_190-it_200-li_1-ls_3-la_1-ve_1.html). Tel qu’il est, ce thésaurus constitué d’une soixantaine d’informations administratives, cliniques et biologiques a permis de franchir l’étape fondamentale de la conception et du déploiement des catalogues en ligne. Il devra cependant être rapidement révisé pour être plus cohérent avec l’usage par les tumorothèques des identifiants (« renseignements ») pour les personnes prélevées et pour les échantillons. Il sera également probablement nécessaire de compléter ce core dataset par des thésaurus spécifiques de pathologie, à l’instar de ce qui a été fait dans le cadre du PNES poumon ; la réflexion sur ce sujet doit être approfondie, afin de trouver le meilleur compromis entre l’investissement en temps et en ressource que représentent la collection et la validation systématiques d’annotations, en outre, et la difficulté à définir le jeu d’annotations nécessaires à la conduite d’un projet scientifique lorsque celui-ci n’est pas précisément défini a priori.

Plusieurs exemples de ces catalogues de tumorothèques en ligne existent depuis quelques années et valident le concept d’interopérabilité des tumorothèques. Certains de ces catalogues se construisent autour de démarches de partage d’expérience à l’échelon régional ; c’est le cas des catalogues du Wales Cancer Bank (http://www.walescancerbank.com) et, en France, de ceux des cancéropôles PACA (www.biobank-paca.com; figure 2) et GSO (http://www.biobank-gso.org) déjà mentionnés ; l’aboutissement ultime de ces démarches en France sera la concrétisation de la « Tumorothèque virtuelle nationale » (TVN), projet porté par l’INCa, et qui devrait regrouper l’ensemble des collections conservées dans les tumorothèques françaises ayant bénéficié par le passé de financements en provenance de la Dhos au ministère de la Santé ou de l’INCa lui-même. Des exemples de mise en réseau à l’échelle nationale existent, aux États-Unis en particulier, où l’on peut accéder au Cooperative Human Tissue Network (CHTN, http://chtn.nci.nih.gov/ à partir du site Web du National Cancer Institute [NCI]). D’autres catalogues se construisent autour de réseaux thématiques en particulier pour les maladies rares (voir par exemple le site EuroBiobank : http://www.eurobiobank.org ou celui du réseau européen CONTICANET : http://www.conticanet.eu/ financé par le 6^e Programme cadre de la Communauté européenne et qui associe des investigateurs s’intéressant aux sarcomes) ou de groupes coopératifs, ces derniers dépassant parfois le concept de « banque virtuelle » pour organiser physiquement et géographiquement leur propre tumorothèque (par exemple la tumorothèque du Groupe Ouest-Est d’études des leucémies et autres maladies du sang [Goelams]).

En peu de temps, la France (et l’Europe) est passée d’une situation de pénurie à une situation, sinon de pléthore, tout du moins d’abondance des projets de catalogues. Cette multiplication soulève un certain nombre de questions, parmi lesquelles l’harmonisation des critères de publication des collections (et donc des critères de requalification par chaque tumorothèque des échantillons en ressources biologiques [16]), la conduite à tenir vis-à-vis de collections sous embargo (dont l’usage et l’analyse sont réservés pendant une période définie à un investigateur ou à un groupe d’investigateurs qui ont souvent participé à sa constitution) et l’affichage d’un même échantillon requalifié au sein de plusieurs catalogues. Ces questions font partie de celles qui sont débattues au sein du projet et du consortium européen Biobanking and BioMolecular Research Infrastructure (BBMRI ; http://www.biobanks.eu).

Cession de collections ou valorisation des ressources biologiques

En l’absence de droit patrimonial sur les échantillons biologiques d’origine humaine et par respect pour la dignité des personnes qui se sont prêtées à un prélèvement et ont accepté que les échantillons qui en dérivent puissent être distribués à des équipes scientifiques, la mise en ligne de catalogues de collections par les tumorothèques ne peut et ne doit en aucun cas être assimilée à de la « VPC » (vente par correspondance). La cession de collections d’échantillons doit être subordonnée à l’élaboration d’un projet scientifique par l’équipe sollicitant la tumorothèque et à sa validation par une instance d’évaluation agissant au nom de l’institution qui finance cette tumorothèque ; dans le cas de projets scientifiques faisant appel à des collections réunies par plusieurs tumorothèques fonctionnant en réseau, la question se pose de savoir si le projet doit être évalué par chaque institution indépendamment ou par une instance commune au réseau. Quoi qu’il en soit, cette instance d’évaluation doit utiliser des critères objectifs et prédéfinis permettant de juger de l’intérêt et de la compétitivité scientifique du projet, du respect des intérêts de ou des institution(s) [en matière de compétition scientifique] et, bien sûr, du respect des obligations légales et réglementaires qui s’imposent aux différentes parties. Le respect de l’indépendance des tumorothèques et de leurs institutions d’origine est une condition importante de leur adhésion à des projets de catalogues communs. La cession n’exclut pas l’existence de compensations financières destinées à couvrir les frais de constitution des collections (cost-recovery). Les modalités pratiques de facturation de leurs prestations par les tumorothèques doivent être formalisées et encadrées, ce qui est l’objectif actuel d’un groupe de travail à l’INCa.

Conclusion

Les catalogues sont des outils qui doivent permettre de faciliter et de multiplier les coopérations scientifiques. Il est précisément difficile aujourd’hui de juger de leur utilité compte tenu de leur antériorité limitée. Elle devrait pouvoir être mesurée au cours des prochaines années par le nombre des projets scientifiques ayant recours à des collections, par la diversité thématique et géographique de ces projets et par le nombre et la qualité des publications qui en sont issues (certains investigateurs ont proposé de calculer un biobank impact factor [BIF]) [17]. L’émergence des catalogues en ligne pose en matière de tumorothèque une question bien connue des économistes : celle de l’équilibre à trouver entre « protectionnisme » et « libre-échange » ! Si l’on considère les ressources biologiques comme une source d’informations latentes à révéler, on peut faire l’hypothèse que la « libre circulation » des échantillons et des idées devrait contribuer au progrès scientifique. Néanmoins, cette question doit être examinée en tenant compte de la nature particulière des missions des tumorothèques et, plus généralement, de tous les outils de la recherche en santé, bien différente de la production de biens ou de services marchands, et en s’assurant que l’accès aux collections s’accompagne d’un accès équitable aux connaissances découlant de leurs analyses.

Glossaire¹

Annotations dynamiques (données associées) : informations cliniques et biologiques actualisées relatives à l’individu prélevé et associées au matériel biologique.

BBMRI : Biobanking and BioMolecular Research Infrastructure ; un des projets consacrés aux développements d’infrastructures de recherche pan-européennes dans le cadre du programme capacités proposé au titre du 7e PCRD (ESFRI, European Strategy Forum on Research Infrastructure).

Biobanque : infrastructure permettant la bonne conservation des échantillons biologique. Le terme de « tumorobanque » n’a pas été consacré par l’usage, et celui de « tumorothèque » désigne à la fois l’infrastructure permettant la bonne conservation d’échantillons biologiques collectés, conservés et distribués dans le cadre d’activités médicales et scientifiques en oncologie, et la bibliothèque d’échantillons biologiques correspondante (voir ci-dessous).

Biothèque : bibliothèque d’échantillons biologiques.

Catalogue : outil documentaire permettant d’énumérer les ressources biologiques disponibles.

Collection : ensemble de ressources biologiques réunies en fonction de caractéristiques communes. L’ensemble des collections constitue le « patrimoine biologique » d’une biobanque.

CRB: Centre de ressources biologiques. Organisme qui réalise au minimum les activités de réception (y compris les activités de collecte et de création pour les microorganismes), de conservation et de mise à disposition de ressources biologiques en particulier à des fins de recherche, d’éducation et de valorisation industrielle. Les CRB sont des biobanques — donc des infrastructures — qui répondent aux critères de fonctionnement et d’accès par les utilisateurs, tels qu’ils ont été définis par l’OCDE dans un rapport publié en 2001 ; l’OCDE voit dans les CRB un élément essentiel de la compétitivité scientifique et industrielle au XXI^e siècle.

CRO : Clinical Research Organization.

Échantillon : produit de la transformation plus ou moins complexe d’un spécimen. Pour des raisons d’identification et de traçabilité, on peut distinguer des échantillons de rangs 1, 2, etc. lorsqu’ils dérivent d’une, deux, etc. transformations successives ; les échantillons de rang 2 et au-delà sont parfois désignés par le terme de « produits dérivés » : cette terminologie est fréquemment utilisée pour les ADN et ARN extraits de cellules ou tissus.

Embargo : désigne la situation où l’usage d’une collection, est réservé pour une période définie à un investigateur ou un groupe d’investigateurs qui est souvent à l’origine de sa constitution. L’embargo doit être défini dès le début de la constitution de la collection et validé collectivement par l’institution qui attribue à la tumorothèque les ressources nécessaires pour fonctionner. À la fin de l’embargo, la collection peut être requalifiée pour un autre usage scientifique.

INCa : Institut national du cancer. http://www.e-cancer.fr/.

Interopérabilité : possibilité d’échanger et d’associer des informations dont la nature et le format ont été prédéfinis et provenant de l’inventaire de différentes tumorothèques. L’interopérabilité est une condition nécessaire pour permettre la constitution de catalogues partagés.

MTA : Material Transfer Agreement : accord de transfert de matériels (biologiques).

OCDE : Organisation de coopération et de développement économique.

PNES : Programme national d’excellence spécialisé.

Prélèvement : acte de prélever ; acte médical ou paramédical permettant l’obtention de tissus, de cellules ou tout autre élément dérivé du corps humain, qu’il s’applique à un patient ou à une personne saine.

RCP : Réunion de concertation pluridisciplinaire.

Ressources biologiques : terme générique désignant le matériel biologique et les données associées (annotations), y compris le consentement ou la non-opposition pour l’usage de ce matériel biologique à des fins scientifiques lorsqu’il est d’origine humaine.

Spécimen : produit du prélèvement (de l’acte de prélèvement).

Tumorothèque : biothèque destinée à fournir des échantillons biologiques utiles pour la réalisation d’analyses en cancérologie. Bibliothèque d’échantillons provenant de patients atteints de cancers ou d’individus présentant une prédisposition à développer un cancer.

TVN : Tumorothèque virtuelle nationale. Catalogue informatisé des échantillons ou des ressources biologiques conservées dans les tumorothèques françaises identifiées et financièrement soutenues par l’INCa.

¹ Adapté et reproduit du glossaire constitué à l’occasion de l’élaboration de la norme Afnor NF S 96 900 applicable pour la certification des biobanques et des centres de ressources biologiques.

Conflits d’intérêt

L.J. et P.V. sont les fondateurs de la société ModulBio qui a conçu le logiciel utilisé par les Cancéropôles PACA et GSO pour permettre l’interopérabilité de leurs tumorothèques et la publication en ligne de leurs catalogues communs.

Les autres auteurs ne déclarent pas de conflit d’intérêt.

Remerciements

Ce travail a été rendu possible en partie grâce au soutien financier de la Direction de l’hospitalisation et de l’organisation des soins (Dhos) au ministère de la Santé, de l’Institut national du cancer (INCa), de l’Inserm et de l’Agence nationale de la recherche (ANR), du Cancéropôle PACA et de ses institutions hospitalières fondatrices : l’Institut Paoli-Calmettes, l’Assistance publique des Hôpitaux de Marseille, le centre hospitalier et universitaire de Nice et le Centre Antoine-Lacassagne.

Les auteurs remercient les professionnels des tumorothèques françaises et, tout particulièrement, des huit tumorothèques du Cancéropôle Grand Sud-Ouest pour les échanges fructueux qui se sont déroulés tout au long des dernières années pour améliorer le fonctionnement des tumorothèques. Ils remercient également M. Pascal Boucher qui pilote les groupes de travail sur les tumorothèques à l’INCa et le projet de déploiement de la Tumorothèque virtuelle nationale (TVN), Mme Jeanne-Hélène Di Donato et M. Georges Dagher qui pilotent à l’Inserm les projets coopérateurs associant les biobanques et les centres de ressources biologiques français, en particulier dans le cadre du projet européen BBMRI.

Références

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2 Collins FS. The case for a US prospective cohort study of genes and environment. Nature 2004 ; 429 : 475-7.

3 Giles J. Huge Biobank project launches despite critics. Nature 2006 ; 440 : 263.

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5 Claudot F, Malservet N, Gallina-Muller C, Nguyen JF, Noel N, Coudane H, et al. The center of biological ressources for the lung cancer. Bull Cancer 2004 ; 91 : 201-3.

6 Check E. Cancer atlas maps out sample worries. Nature 2007 ; 447 : 1036-7.

7 Kaiser J. Genomics. Tackling the cancer genome. Science 2005 ; 309 : 693.

8 Kaiser J. National Institutes of Health. NCI gears up for cancer genome project. Science 2005 ; 307 : 1182.

9 Rodriguez JA, Giacone G. Reflection and reaction. Keynote comments: are large-scale genomic projects ready to use? Lancet Oncol 2006 ; 7 : 191-2.

10 Morente MM, Alonso S. Current challenges of human tumour banking. Hematol Oncol 2005 ; 23 : 54-6.

11 Pearson H. Summit calls for clear view of deposits in all biobanks. Nature 2004 ; 432 : 426.

12 Les documents de travail du Sénat. Le numéro unique d’identification des personnes physiques, 2007 Décembre. Report n^o LC181.

13 Oosterhuis JW, Coebergh JW, van Veen EB. Tumor banks: well-guarded treasures in the interest of patients. Nat Rev Cancer 2003 ; 3 : 73-7.

14 Birmingham K. An inauspicious start for the US National Biospecimen Network. J Clin Invest 2004 ; 113 : 320.

15 Waltz E. Pricey cancer genome project struggles with sample shortage. Nature Med 2007 ; 13 : 391.

16 Elger BS, Caplan AL. Consent and anonymization in research involving biobanks: differing terms and norms present serious barriers to an international framework. EMBO Rep 2006 ; 7 : 661-6.

17 Cambon-Thomsen A. Assessing the impact of biobanks. Nat Genet 2003 ; 34 : 25-6.