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Virus respiratoires émergents : virus du Sras et virus influenza A/H5N1 hautement pathogène

Annales de Biologie Clinique. Volume 64, Numéro 3, 195-208, Mai-Juin 2006, Revue générale

Résumé

Summary

Auteur(s) : A Goffard, M Lazrek, C Schanen, P-E Lobert, L Bocket, A Dewilde, D Hober , Service de virologie, UPRES-EA3610, CHRU Lille, Faculté de Médecine, Université Lille 2, Bâtiment P. Boulanger, Lille.

Résumé : Cette synthèse a pour but de faire le point des connaissances concernant le virus du syndrome respiratoire aigu sévère (Sras) et le virus A/H5N1 hautement pathogène. En cas de suspicion d’infection par SARS-CoV, les recherches virologiques sont réalisées à partir d’une aspiration rhino-pharyngée, d’une expectoration, d’un écouvillonnage de gorge ou d’un liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA) mais aussi des selles, des urines voire du sérum d’un patient venant d’une région où le virus du Sras aurait réémergé (ou travaillant dans un laboratoire étudiant le virus du Sras). L’isolement du virus sur culture cellulaire ou l’extraction de l’ARN viral en vue d’une RT-PCR doivent être réalisés dans un laboratoire de niveau de confinement BSL3 (Biosafety level 3). Une RT-PCR spécifique du virus du Sras permet le diagnostic virologique. En raison de la moindre sensibilité de la RT-PCR spécifique du Sras, l’analyse des échantillons cliniques doit être répétée pendant plusieurs jours. La prise en charge d’échantillons biologiques pour une suspicion d’infection par le virus A/H5N1 hautement pathogène (tableau clinique de grippe chez une personne revenant d’une région où circule le virus A/H5N1), respecte la même procédure. En effet, le diagnostic virologique repose sur la mise en évidence du virus ou de son ARN génomique. Les échantillons biologiques permettant le diagnostic sont des prélèvements respiratoires, des selles, du sérum ou du liquide céphalorachidien (LCR). L’isolement du virus sur culture cellulaire doit être réalisé dans un laboratoire de niveau de confinement BSL3. Pour la recherche de l’ARN génomique, l’extraction de l’ARN doit, elle aussi, être réalisée dans un laboratoire de niveau de confinement BSL3. Une RT-PCR en temps réel ciblant un fragment du gène de l’hémagglutinine H5 permet un diagnostic spécifique de la grippe A/H5N1. Ces procédures sont actuellement en place dans les laboratoires de virologie afin de diagnostiquer les éventuels premiers cas de grippe à virus A/H5N1 ou la réémergence du virus du Sras.

Mots-clés : grippe aviaire, A/H5N1, SARS-CoV, Sras, virus émergent

Illustrations

Figure 1 Représentation schématique d’un coronavirus. Les coronavirus sont des virus sphériques enveloppés dont la nucléocapside serait icosaédrique. Leur génome est constitué d’un ARN linéaire simple brin de polarité positive associé à la protéine N pour former la ribonucléoprotéine. Les protéines S et E sont présentes à la surface de la particule virale sous la forme de spicules. La protéine M constitue la capside de la particule virale. Certaines souches virales présentent une protéine HE au niveau de leur enveloppe virale.

Figure 2 Représentation schématique du virus de la grippe de type A. L’enveloppe virale est hérissée de spicules de neuraminidase ou d’hémagglutinine. La face interne de la particule virale est tapissée de protéine de matrice M1. La protéine de matrice M2 traverse l’enveloppe virale sous la forme d’un canal ionique. Le génome viral est constitué de 8 segments d’ARN associés à des riboprotéines et au complexe de réplication.

Figure 3 Représentation schématique de la cible de la RT-PCR utilisée pour la détection du virus A/H5N1.En haut, sont représentés les 8 fragments d’ARN constituant le génome du virus A/H5N1. Le segment 4 code les deux sous-unités de l’hémagglutinine (HA1 et HA2). Les amorces utilisées pour la RT-PCR amplifient un fragment du segment 4.