Figures
Figure 1.
Sous-typage des cancers du sein primitifs et des métastases cérébrales (BCBM). (A) L’histogramme montre la fréquence des sous-types moléculaires intrinsèques : Luminal A, B, HER2-enrichi, Basal-like et Normal Breast des tumeurs primitives du sein et des tumeurs métastatiques cérébrales. Le sous-type moléculaire intrinsèque de chaque tumeur a été déterminé par le test PAM50. (B) Diagramme du changement de sous-type moléculaire des tumeurs primitives du sein et des métastases cérébrales. Les lignes larges gris foncé représentent les échantillons qui ont changé de sous-type moléculaire intrinsèque. (C) Histogramme du pourcentage d’échantillons de sous-type tumoral ER+/HER2+, HER2+, CSTN, défini sur la base du statut immunohistochimique (IHC) pour les gènes ER , PR et HER2 lorsqu’il est disponible, pour 90 échantillons.
Figure 1. BCBM subtyping. (A) Bar chart shows the frequency of intrinsic molecular subtypes: Luminal A, B, HER2-enriched, Basal-like, and Normal Breast for primary breast and brain metastatic tumours. The intrinsic molecular subtype of each tumour was determined by applying the PAM50 subtype predictor to gene expression data, adjusted for sequencing center batch-driven effect. (B) Sankey flow diagram of molecular sample switching from primary breast tumours to brain metastases. Dark grey edges of the flow diagram represent those samples with switched intrinsic molecular subtype. (C) Bar chart of percent of samples annotated as either ER+/HER2+, HER2+, or TNBC tumour subtype, defined based on immunohistochemistry (IHC) status for ER, PR, and HER2 genes , when available, for 90 samples.
Figure 1.
Figure 1.
Survie sans progression des patientes de l’essai SAFIR02-BREAST comparée à celle des patientes recevant un traitement standard (chimiothérapie). (A) En ne prenant en compte que les patientes dont la tumeur présentait une altération moléculaire actionnable de niveau I ou II selon l’ESCAT. (B) En prenant en compte l’ensemble de la population traitée.
Figure 1. Progression-free survival of patients of the SAFIR02-BREAST clinical trial compared to that of patients receiving a standard treatment (chemotherapy). (A) Only patients with tumours harbouring a functional molecular alteration of ESCAT level I or II. (B) All patients of the treated population.
Figure 1.
Figure 1.
Comparaison des nombres observé et attendu de mutations dans trois parties de gènes : séquence codante de NRAS , promoteur de TERT et sites d’épissage de VHL . Les mutations sont classées par type.
Figure 1. Comparison of the observed and expected number of mutations in the three different gene groups: NRAS coding sequence, TERT promoter, and VHL splice sites. Mutations are categorized according to type.
Figure 1.
Figure 2.
Rapport des nombres observé et attendu de mutations dans trois parties du gène TP53 : séquence codante, sites d’épissage et promoteur.
Figure 2. Ratio of the observed and expected number of mutations in the three TP53 gene groups: coding sequence, splice sites and promoter.
Figure 2.
Figure 3.
Présence de mutations dans quelques oncogènes (A) et gènes suppresseurs de tumeurs (B) dans divers types de cancers. Les carrés gris correspondent aux mutations oncogéniques des gènes déjà connues dans le type de cancer étudié, les carrés rouges aux mutations non-sens des gènes non précédemment connus pour porter des mutations oncogéniques. Par exemple, les mutations du gène AKT1 sont connues pour leur présence dans les cancers du sein et de la prostate, mais pas dans les cancers de la vessie et des autres types étudiés. L’intensité de la couleur rouge indique la significativité de l’association gène–type de cancer. La taille des carrés est proportionnelle à l’excès de mutations observées par rapport au taux de mutations neutres.
Figure 3. Presence of mutations in certain oncogenes (A) and tumour suppressor genes (B) in diverse cancer types. Grey squares correspond to genes already known to harbour oncogenic mutations in the studied cancer type and red squares correspond to genes not previously known to harbour such mutations. For instance, AKT1 gene mutations are known to be present in breast and prostate cancers, but not in bladder or other cancer types studied. Intensity of the colour red indicates the significance of the gene–cancer type association. Square size is proportional to the excess mutation rate after accounting for neutral mutation rates.
Figure 3.
Figure 1.
Représentation bidimensionnelle des populations cellulaires identifiées par RNA-seq sur cellule unique. (A) Sur l’ensemble du tissu étudié : on distingue aisément les cellules épithéliales, immunes et stromales. (B) Sur une subdivision limitée aux cellules de l’immunité : là encore, on distingue lymphocytes B et T, cellules NK, mastocytes, plasmocytes, macrophages et cellules dendritiques. Le même type de représentation a aussi été obtenu sur la subdivision des cellules stromales, et dans les trois cas par ATAC-seq.
Figure 1. Bidimensional representation of cell populations identified by single-cell RNA-seq. (A) On whole tissue, epithelial, immune and stromal cells can be easily distinguished. (B) For a subdivision limited to immune cells, B and T lymphocytes, NK cells, mast cells, plasmocytes, macrophages, and dendritic cells can be identified. This representation was also obtained for the subdivision of stromal cells; in all three cases using ATAC-seq.
Figure 1.
Figure 2.
Augmentation de la proportion des cellules épithéliales dans les populations identifiées comme cellules souches (A) et entérocytes (B) étudiés, depuis le côlon normal (N), le tissu apparemment normal des polypes (U), les polypes (P) et le tissu cancéreux (C).
Figure 2. Increase in the proportion of epithelial cells within the stem cell (A) and enterocyte (B) population, in normal colon (N), healthy polyp tissue (U), polyps (P) and cancer tissue (C).
Figure 2.
Figure 3.
Augmentation progressive de la proportion des cellules souches parmi les cellules épithéliales dans le « continuum de malignité » qui va du tissu colique non tumoral au polype et au cancer, dans les populations de cellules souches (A) et d’entérocytes (B).
Figure 3. Progressive increase in the proportion of stem cells among epithelial cells within the “malignancy continuum” from non-tumoural colon tissue to polyps and cancer in the stem cell (A) and enterocyte (B) populations.
Figure 3.
Figure 1.
(A) Fréquence des variants alléliques des mutations dans une paire de tumeurs clonalement non reliées (c’est-à-dire que le cancer invasif de la récidive ne provient pas du cancer in situ primitif). (B) Traçage des lignées sous-clonales des tumeurs correspondantes. La récidive n’abrite pas les mêmes sous-clones que le primitif.
Figure 1. (A) Variant allele frequency of mutations in a pair of clonally unrelated tumours (i.e. the recurrent invasive cancer does not originate from the primary in situ cancer). (B) Subclonal lineage tracing of the corresponding tumours. The recurrent cancer does not harbour the same subclones as the primary.
Figure 1.
Figure 2.
(A) Fréquence des variants alléliques des mutations dans une paire de tumeurs clonalement reliées (c’est-à-dire que le cancer invasif de la récidive provient du cancer in situ primitif). (B) Traçage des lignées sous-clonales des tumeurs correspondantes. La récidive abrite les mêmes sous-clones que le primitif.
Figure 2. (A) Variant allele frequency of mutations in a pair of clonally related tumours (i.e. the recurrent invasive cancer originates from the primary in situ cancer). (B) Subclonal lineage tracing of the corresponding tumours. The recurrent cancer harbours the same subclones as the primary.
Figure 2.
Figure 3.
(A) Représentation bidimensionnelle des populations cellulaires identifiées par exome-seq sur cellule unique, montrant les sous-clones identifiés dans le primitif et la récidive d’une tumeur non reliée au primitif. (B) Traçage des lignées sous-clonales du primitif et de la récidive. Les mutations présentes dans le primitif et la récidive ne sont pas les mêmes.
Figure 3. (A) Bidimensional representation of cell populations identified by single-cell exome-seq showing subclones in the primary and recurrent tumour unrelated to the primary. (B) Subclonal lineage tracing of the primary and recurrent cancer. The mutations present in the primary and recurrent cancer are not the same.
Figure 3.
Figure 4.
(A) Représentation bidimensionnelle des populations cellulaires identifiées par exome-seq sur cellule unique, montrant les sous-clones identifiés dans le primitif et la récidive d’une tumeur reliée au primitif. (B) Traçage des lignées sous-clonales du primitif et de la récidive. Les mutations présentes dans le primitif et la récidive sont les mêmes.
Figure 4. (A) Bidimensional representation of cell populations identified by single-cell exome-seq showing subclones in the primary and recurrent tumour related to the primary. (B) Subclonal lineage tracing of the primary and recurrent cancer. The mutations present in the primary and recurrent cancer are the same.
Figure 4.
Authors
L’analyse des altérations moléculaires spécifiques des sous-types moléculaires des métastases cérébrales de cancers du sein identifie des altérations cliniquement pertinentes*
L’apparition de métastases cérébrales aggrave le pronostic des cancers du sein, quel qu’en soit le sous-type moléculaire. Il serait très utile de mieux connaître les événements moléculaires, [...]