Congrès & Conférences - Débat - Bilan - Thèses

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L'objectif de cette rubrique est de promouvoir la communication, l'échange d'idées et d'informations entre virologues de toutes spécialités afin de faire mieux « vivre » notre discipline. Vous y trouverez régulièrement des informations sur l'enseignement, une liste régulièrement actualisée de conférences et de congrès nationaux et internationaux, des présentations et commentaires d'ouvrages, des discussions d'aspects réglementaires, etc. Nous sollicitons votre participation active dans l'animation de ces thèmes et de tout autre information susceptible d'intéresser la virologie. Vos textes et/ou informations sont à transmettre à : Noël Tordo, Laboratoire des Lyssavirus, Institut Pasteur, 75724 Paris Cedex 15 - Tél. : 33 01 40 61 31 34 - Fax : 33 01 40 61 32 56 - E-mail : ntordo@pasteur.fr

Débat sur la taxonomie virale (suite)

De la nécessité d'une nomenclature

H. Tolou ¹, J. Nicoli ¹ et C. Chastel ²

¹ Unité de virologie tropicale, Institut de médecine tropicale du Service de santé des Armées, BP 46, 13998 Marseille Armées

² Faculté de médecine, 22 av. Camille-Desmoulins, 29285, Brest

Toute taxonomie* est une mise en ordre

Elle implique une hiérarchisation fondée sur des principes, essentiellement structuraux dans la première tentative de Lwoff-Horne-Tournier [1], essentiellement moléculaire dans la classification internationale actuelle [2].

La taxonomie virale se distingue des taxonomies des organismes vivants en ce qu'elle n'a pas d'ambition (de fondement) phylogénétique (en dépit d'une tentative [3]). Les raisons en sont : 1) la limitation de l'horizon temporel, liée aux taux de mutations, à la fréquence des cycles et à la taille des progénies ; 2) la polyphylie vraisemblable des virus, si bien que les arbres dressés sont disjoints et forment une forêt. En ce sens, elle se situe dans un cadre proprement linnéen.

Cette référence à Linné rend donc particulièrement paradoxal l'état actuel de la nomenclature virologique. Un accord s'est fait sur l'existence et la définition de l'espèce virale [4]. Mais aucune règle de nomenclature n'a été édictée malgré les pertinentes remarques de R. Matthews [5], à l'exception de la tentative ancienne de désignation par cryptogrammes [6], si l'on veut bien réduire la décision de désigner les espèces virales par des noms vernaculaires à ce qu'elle est, une absence de règle.

Une nomenclature binomiale associant le nom du genre à celui de l'espèce virale aurait le quadruple avantage : 1) de rapprocher la nomenclature des virologistes de celle utilisée pour la désignation de tous les organismes vivants ; 2) d'apporter un supplément d'informations ; 3) de préciser les contraintes conceptuelles nécessaires à la définition d'un virus nouveau ; 4) de faciliter la mémorisation.

Il resterait à préciser quelle forme donner à cette nomenclature binomiale. Une nomenclature associant au nom du genre (correctement et précisément défini par 1'ICTV), le nom vernaculaire de l'espèce souvent formé par l'association de 2 à 4 mots ne peut plus être qualifiée de binomiale. Le nom vernaculaire est souvent ambigu, fréquemment lié à la pathologie, à laquelle se résumait autrefois le signe de la présence virale, multipliant les virus orphelins, dont le nombre devrait rapidement surpasser celui des virus pathogènes, à mesure de la progression de notre inventaire des formes virales.

La nomenclature binomiale latine, trop vite abandonnée [7], avait le double intérêt de régler le problème de la langue (avec la nécessité de dictionnaires) et de limiter la nomenclature aux deux termes du binôme. Herpesvirus varicellae est en ce sens plus heureux et plus précis que Chickenpox herpesvirus. Le nom d'espèce, en revanche, pose problème, si l'on veut bien ne pas tenir pour règle la légitimation des noms vernaculaires, variables avec la langue de l'auteur.

Les virologistes ne pourront pas faire très longtemps encore l'économie d'un effort de nomenclature, fondé sur quelques principes simples :

- la définition d'une typologie : nom de genre avec majuscule initiale, nom d'espèce en minuscules, ce qui devrait entraîner l'ordre genre-espèce plutôt que espèce-genre ;

- un nom d'espèce réduit à un mot unique formant un binôme véritable avec le nom du genre (en ce sens, la langue allemande ou flamande, autorisant la concaténation des mots, paraît parfois préférable !). Citons quelques possibilités : acronymes (avec règles de prononciation à édicter), numéro d'accès de la première séquence génomique publiée, nom géographique ou de pathologie (Nairovirus Crimée-Congo remplaçant par exemple Crimean-Congo Haemorrhagic Fever Virus), latinisé ou non (la latinisation aurait l'avantage d'obtenir un binôme homogène).

Citons encore André Lwoff [8] : « A taxonomical war... is equivalent of a religious war. There is, however, a difference. The heretics, that is the others, not being burned, the war cannot come to end. »

Références

1. Lwoff A, Home RW, Tournier P. A systein of viruses classification. Cold Spring Harbor Symp Quanti Biol 1962 ; 27 : 51-5.

2. Van Regenmortel MHV, Fauquet CM, Bishop DHL. Virus taxonomy. 7th Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Academic Press, Orlando, 2000

3. Ward CW. Progress toward a higher taxonomy of viruses. Res Viro, 1993 ; 144 : 419-53.

4. Van Regenmortel MHV. Virus species, a much overlooked but essential conception in virus classification. Intervirology 1990 ; 31 : 241-54.

5. Matthews REF. Classification and nomenclature of viruses. 4th Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Intervirology 1979 ; 12 : 132-296.

6. Gibbs AJ, Harrison BD, Watson D.H, Wildy P. What's in a virus name ? Nature 1966 ; 209 : 450-4.

7. Lwoff A. Principles of classification and nomenclature of viruses. Nature 1967 ; 215 : 13-4.

8. Lwoff A. From protozoa to bacteria and viruses : fifty years with microbes. Ann Rev Microbiol 1971 ; 25 : 1-26

Pour en savoir plus sur la saga binomial/non-binomial, latin/non-latin : <www.danforthcenter.org/iltab/ICTVnet/asp/iMessageBoardMain.asp>

Bilan
des 4^es Journées francophones
de virologie (JFV)

Les 25 et 26 avril, la Faculté de médecine des Saints-Pères a accueilli pour la troisième fois consécutive ce forum annuel traditionnel de la communauté des virologistes francophones qui peuvent ainsi se rencontrer, mieux se connaître, établir des collaborations, communiquer et apprendre. Dans l'esprit de Virologie, le but est de rapprocher des biologistes cellulaires et moléculaires, des généticiens, des immunologistes et des infectiologues, dans le domaine de la biologie humaine et vétérinaire, de la santé publique, de la biologie végétale et de l'environnement.

* Participation 1999 2000 2001 2002

- participants 402 616 539 485

- féminin 50 % 53 % 52 % 52 %

- masculin 50 % 47 % 48 % 48 %

* Provenance 1999 2000 2001 2002

- Paris 31 % 29 % 30 % 21 %

- région

parisienne 24 % 23 % 23 % 25 %

- province 38 % 40 % 38 % 49 %

- étranger 7 % 8 % 9 % 5 %

* Profil 1999 2000 2001 2002

- étudiants 32 % 27 % 32 % 29 %

- chercheurs 15 % 12 % 10 % 24 %

- médecins 9 % 13 % 11 % 10 %

- biologistes 4 % 3 % 8 % 9 %

- vétérinaires - - - 2 %

- ingénieurs 3 % 2 % 2 % -

- techniciens 5 % 5 % 9 % 7 %

- industriels 1 % 1 % 2 % 1 %

- journalistes 2 % 1 % 2 % -

- formateurs 1 % - - -

- non précisé 27 % 36 % 24 % 18 %

Éléments de synthèse et de réflexion

Au bout de leur quatrième année d'existence, les JFV ont atteint un rythme de croisière et attirent régulièrement environ 500 virologistes francophones. Les petites variations annuelles de la fréquentation s'expliquent par : 1) la multitude des sollicitations (le Mondial de Virologie se déroulera à Paris fin juillet 2002) ; 2) la programmation en période de vacances de Pâques pour pouvoir disposer des amphithéâtres de la Faculté des Saints-Pères (d'autres solutions hors vacances sont actuellement étudiées par le comité d'organisation).

La localisation parisienne favorise un important contingent francilien. Il faut toutefois souligner que celui-ci, qui s'était régulièrement établi à 50-55 % au cours des trois premières éditions, a décru à 46 % en 2002. En revanche, les « provinciaux » sont toujours très fidèles et représentent la moitié (49 %) des participants. Un effort est demandé aux virologistes franciliens, dont le déplacement est d'autant plus aisé, pour venir plus nombreux rencontrer/écouter leurs collègues de province et débattre avec eux. Tout cela montre que les JFV sont devenues un rendez-vous régulier incontournable de la communauté nationale des virologistes, ce qui est corrélé parfaitement avec les « on se retrouve aux JFV » que l'on peut entendre ça et là au cours de l'année. Une preuve tangible du rôle fédérateur des JFV est matérialisée en 2002 par l'organisation de deux réunions satellites consacrées respectivement à la certification de l'éradication de la poliomyélite en France et à l'émergence du Groupe francophone des Herpèsvirus.

Au-delà des frontières nationales, les JFV attirent un nombre d'étrangers qui se stabilise à 5-10 %. En dehors des collègues européens francophones classiquement assidus (belges et suisses), la participation de l'Afrique francophone (notamment du Nord) devient plus régulière et doit être encouragée. Tout cela illustre le potentiel fédérateur de la virologie en général et de la langue française en particulier.

En ce qui concerne le profil des participants, les JFV mobilisent toujours autant les étudiants post-doc (environ 30 %). Il s'agit d'une volonté initiale du comité d'organisation qui s'efforce de maintenir pour ces catégories des tarifs d'inscription très bas. Cette jeunesse des JFV est un gage de dynamisme et d'avenir pour la virologie francophone. Les autres catégories professionnelles que les JFV intéressent sont variées : chercheurs (25 %), médecins/biologistes/vétérinaires (20 %), ingénieurs/techniciens (10 %). Enfin, les industriels sont présents.

Malgré leur réussite évidente, les JFV demeurent fragiles sur le plan financier. La politique poursuivie de fournir un programme de haute qualité en maintenant les tarifs d'inscription les plus bas pour les 30 % d'étudiants post-doc, implique un soutien indispensable de la communauté scientifique et industrielle. Celle-ci est invitée à y réfléchir afin de permettre la pérennité d'une réunion qui allie indépendance et qualité scientifique, transversalité thématique et multidisciplinarité.

Thèses en virologie

Cette rubrique répertorie les thèses en virologie qui montrent la vitalité de notre discipline. Faites parvenir par courrier électronique (ntordo@pasteur.fr) le titre, le résumé, la spécialité, la date de la soutenance et, si possible, la composition du jury. Merci aux bibliothèques des universités de nous aider à compléter régulièrement cet inventaire.

Thèses de doctorat en médecine

- Emmanuel Lapoile, 29 octobre 2001, Paris 11 (hépato-gastro-entérologie). Étude de l'atteinte hépatique chez des patients co-infectés par le virus de l'hépatite C et le virus de l'immunodéficience humaine.

- Hien Tony Ngo Quang, 2002, Paris 11. Hépatite aiguë et infection à virus herpès simplex chez la femme enceinte.

Thèses de doctorat en sciences

- Mathieu Robain, 20 décembre 2001, Paris 11 (santé publique). Épidémiologie de la co-infection par le cytomégalovirus (CMV) chez les sujets infectés par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) : cohortes Seroco-Hemoco

- Didier Lecointe, 15 février 2002, Paris 11 (microbiologie/parasitologie). Rôle des chimiokines et de leurs récepteurs au cours de la co-infection des cellules gliales humaines par le cytomégalovirus humain et le virus de l'immunodéficience humaine.

- Cécile Martinat, 29 mars 2002, Paris 6 (virologie fondamentale). Étude des mécanismes impliqués dans l'établissement de l'infection persistante du virus de Theiler dans le système nerveux central de la souris.

- Éliane Gault, 4 avril 2002, Paris 6 (virologie). Diversité des rotavirus humains : génotypes G des rotavirus circulant en région parisienne et réarrangements génomiques d'un rotavirus humain.

- Marjorie Pion, 16 avril 2002, Aix-Marseille (Maladies transmissibles et pathologies tropicales). Mécanismes de la latence virale du virus de l'immunodéficience humaine (VIH1).

Bêtisier

Virologie est une revue sérieuse, didactique, diffusant des connaissances scientifiques actualisées dans tous les domaines de la virologie. Pour autant, elle ne se veut pas austère et se propose d'égayer ses numéros avec quelques « perles virologiques », glanées çà et là. Si, au cours de votre activité professionnelle, vous avez été confrontés à des mots ou des événements qui prêtent à sourire, n'hésitez pas à en faire profiter nos lecteurs.

Vu dans des prescriptions :

- Recherche de CMV pour un grand hypotrophe. Ce n'est pas drôle, mais est-ce possible ?

- Recherche de Paramyxovirus A et B. Pour une paragrippe ?

Relevé de perles dans des copies d'étudiants traitant du virus de l'hépatite B (VHB) :

- Le VHB est un virus à capsule hélicoïdale. Avec ça il devrait pouvoir être mis sur orbite.

- Le VHB est un virus à capside icozaédrique et l'antigène HBs est recherché par technique Eliza. Avec des Z c'est tout de suite beaucoup plus zientifique !

- Le VHB est isolé sur cellules MRC5. Depuis le temps qu'on attendait ça !

- L'infection à VHB est un problème de santé publique. Elle atteint plus d'une dizaine de millions d'individus dans le monde. Banalité plus grande approximation : le candidat pourrait certainement préparer des discours dans un proche avenir.

- Le VHB se présente sous forme d'une grosse particule d'environ 360 nm : la particule de Dame. Elle n'aurait pas pris un peu de tour de taille la dame ?

- Le vaccin contre l'hépatite est commercialisé sous le nom d'Angerix. Déjà vu mais tellement mignon.