ARTICLE
L'objectif de cette rubrique est de promouvoir la communication,
l'échange d'idées et d'informations entre virologues de
toutes spécialités afin de faire mieux « vivre »
notre discipline. Vous y trouverez régulièrement des informations
sur l'enseignement, une liste régulièrement actualisée
de conférences et de congrès nationaux et internationaux,
des présentations et commentaires d'ouvrages, des discussions d'aspects
réglementaires, etc. Nous sollicitons votre participation active
dans l'animation de ces thèmes et de tout autre information susceptible
d'intéresser la virologie. Vos textes et/ou informations sont à
transmettre à : Noël Tordo, Laboratoire des Lyssavirus, Institut
Pasteur, 75724 Paris Cedex 15 - Tél. : 33 01 40 61 31 34 - Fax
: 33 01 40 61 32 56 - E-mail : ntordo@pasteur.fr
Débat sur la taxonomie virale (suite)
De la nécessité d'une nomenclature
H. Tolou 1, J. Nicoli 1 et C. Chastel 2
1 Unité de virologie tropicale, Institut de médecine
tropicale du Service de santé des Armées, BP 46, 13998 Marseille
Armées
2 Faculté de médecine, 22 av. Camille-Desmoulins,
29285, Brest
Toute taxonomie* est une mise en ordre
Elle implique une hiérarchisation fondée sur des principes,
essentiellement structuraux dans la première tentative de Lwoff-Horne-Tournier
[1], essentiellement moléculaire dans la classification internationale
actuelle [2].
La taxonomie virale se distingue des taxonomies des organismes vivants
en ce qu'elle n'a pas d'ambition (de fondement) phylogénétique
(en dépit d'une tentative [3]). Les raisons en sont : 1) la limitation
de l'horizon temporel, liée aux taux de mutations, à la
fréquence des cycles et à la taille des progénies
; 2) la polyphylie vraisemblable des virus, si bien que les arbres dressés
sont disjoints et forment une forêt. En ce sens, elle se situe dans
un cadre proprement linnéen.
Cette référence à Linné rend donc particulièrement
paradoxal l'état actuel de la nomenclature virologique. Un accord
s'est fait sur l'existence et la définition de l'espèce
virale [4]. Mais aucune règle de nomenclature n'a été
édictée malgré les pertinentes remarques de R. Matthews
[5], à l'exception de la tentative ancienne de désignation
par cryptogrammes [6], si l'on veut bien réduire la décision
de désigner les espèces virales par des noms vernaculaires
à ce qu'elle est, une absence de règle.
Une nomenclature binomiale associant le nom du genre à celui
de l'espèce virale aurait le quadruple avantage : 1) de rapprocher
la nomenclature des virologistes de celle utilisée pour la désignation
de tous les organismes vivants ; 2) d'apporter un supplément d'informations
; 3) de préciser les contraintes conceptuelles nécessaires
à la définition d'un virus nouveau ; 4) de faciliter la
mémorisation.
Il resterait à préciser quelle forme donner à cette
nomenclature binomiale. Une nomenclature associant au nom du genre (correctement
et précisément défini par 1'ICTV), le nom vernaculaire
de l'espèce souvent formé par l'association de 2 à
4 mots ne peut plus être qualifiée de binomiale. Le nom vernaculaire
est souvent ambigu, fréquemment lié à la pathologie,
à laquelle se résumait autrefois le signe de la présence
virale, multipliant les virus orphelins, dont le nombre devrait rapidement
surpasser celui des virus pathogènes, à mesure de la progression
de notre inventaire des formes virales.
La nomenclature binomiale latine, trop vite abandonnée [7], avait
le double intérêt de régler le problème de
la langue (avec la nécessité de dictionnaires) et de limiter
la nomenclature aux deux termes du binôme. Herpesvirus varicellae
est en ce sens plus heureux et plus précis que Chickenpox herpesvirus.
Le nom d'espèce, en revanche, pose problème, si l'on
veut bien ne pas tenir pour règle la légitimation des noms
vernaculaires, variables avec la langue de l'auteur.
Les virologistes ne pourront pas faire très longtemps encore
l'économie d'un effort de nomenclature, fondé sur quelques
principes simples :
- la définition d'une typologie : nom de genre avec majuscule
initiale, nom d'espèce en minuscules, ce qui devrait entraîner
l'ordre genre-espèce plutôt que espèce-genre ;
- un nom d'espèce réduit à un mot unique formant
un binôme véritable avec le nom du genre (en ce sens,
la langue allemande ou flamande, autorisant la concaténation
des mots, paraît parfois préférable !). Citons quelques
possibilités : acronymes (avec règles de prononciation à
édicter), numéro d'accès de la première séquence
génomique publiée, nom géographique ou de pathologie
(Nairovirus Crimée-Congo remplaçant par exemple Crimean-Congo
Haemorrhagic Fever Virus), latinisé ou non (la latinisation aurait
l'avantage d'obtenir un binôme homogène).
Citons encore André Lwoff [8] : « A taxonomical war... is
equivalent of a religious war. There is, however, a difference. The heretics,
that is the others, not being burned, the war cannot come to end. »
Références
1. Lwoff A, Home RW, Tournier P. A systein of viruses classification.
Cold Spring Harbor Symp Quanti Biol 1962 ; 27 : 51-5.
2. Van Regenmortel MHV, Fauquet CM, Bishop DHL. Virus taxonomy.
7th Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Academic
Press, Orlando, 2000
3. Ward CW. Progress toward a higher taxonomy of viruses. Res Viro,
1993 ; 144 : 419-53.
4. Van Regenmortel MHV. Virus species, a much overlooked but essential
conception in virus classification. Intervirology 1990 ; 31 : 241-54.
5. Matthews REF. Classification and nomenclature of viruses. 4th Report
of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Intervirology
1979 ; 12 : 132-296.
6. Gibbs AJ, Harrison BD, Watson D.H, Wildy P. What's in a virus
name ? Nature 1966 ; 209 : 450-4.
7. Lwoff A. Principles of classification and nomenclature of viruses.
Nature 1967 ; 215 : 13-4.
8. Lwoff A. From protozoa to bacteria and viruses : fifty years with
microbes. Ann Rev Microbiol 1971 ; 25 : 1-26
Pour en savoir plus sur la saga binomial/non-binomial, latin/non-latin
: <www.danforthcenter.org/iltab/ICTVnet/asp/iMessageBoardMain.asp>
Bilan
des 4es Journées francophones
de virologie (JFV)
Les 25 et 26 avril, la Faculté de médecine des Saints-Pères
a accueilli pour la troisième fois consécutive ce forum
annuel traditionnel de la communauté des virologistes francophones
qui peuvent ainsi se rencontrer, mieux se connaître, établir
des collaborations, communiquer et apprendre. Dans l'esprit de Virologie,
le but est de rapprocher des biologistes cellulaires et moléculaires,
des généticiens, des immunologistes et des infectiologues,
dans le domaine de la biologie humaine et vétérinaire, de
la santé publique, de la biologie végétale et de
l'environnement.
* Participation 1999 2000 2001 2002
- participants 402 616 539 485
- féminin 50 % 53 % 52 % 52 %
- masculin 50 % 47 % 48 % 48 %
* Provenance 1999 2000 2001 2002
- Paris 31 % 29 % 30 % 21 %
- région
parisienne 24 % 23 % 23 % 25 %
- province 38 % 40 % 38 % 49 %
- étranger 7 % 8 % 9 % 5 %
* Profil 1999 2000 2001 2002
- étudiants 32 % 27 % 32 % 29 %
- chercheurs 15 % 12 % 10 % 24 %
- médecins 9 % 13 % 11 % 10 %
- biologistes 4 % 3 % 8 % 9 %
- vétérinaires - - - 2 %
- ingénieurs 3 % 2 % 2 % -
- techniciens 5 % 5 % 9 % 7 %
- industriels 1 % 1 % 2 % 1 %
- journalistes 2 % 1 % 2 % -
- formateurs 1 % - - -
- non précisé 27 % 36 % 24 % 18 %
Éléments de synthèse
et de réflexion
Au bout de leur quatrième année d'existence, les JFV ont
atteint un rythme de croisière et attirent régulièrement
environ 500 virologistes francophones. Les petites variations annuelles
de la fréquentation s'expliquent par : 1) la multitude des sollicitations
(le Mondial de Virologie se déroulera à Paris fin juillet
2002) ; 2) la programmation en période de vacances de Pâques
pour pouvoir disposer des amphithéâtres de la Faculté
des Saints-Pères (d'autres solutions hors vacances sont actuellement
étudiées par le comité d'organisation).
La localisation parisienne favorise un important contingent francilien.
Il faut toutefois souligner que celui-ci, qui s'était régulièrement
établi à 50-55 % au cours des trois premières éditions,
a décru à 46 % en 2002. En revanche, les « provinciaux
» sont toujours très fidèles et représentent
la moitié (49 %) des participants. Un effort est demandé
aux virologistes franciliens, dont le déplacement est d'autant
plus aisé, pour venir plus nombreux rencontrer/écouter leurs
collègues de province et débattre avec eux. Tout cela montre
que les JFV sont devenues un rendez-vous régulier incontournable
de la communauté nationale des virologistes, ce qui est corrélé
parfaitement avec les « on se retrouve aux JFV » que l'on peut
entendre ça et là au cours de l'année. Une preuve
tangible du rôle fédérateur des JFV est matérialisée
en 2002 par l'organisation de deux réunions satellites consacrées
respectivement à la certification de l'éradication de la
poliomyélite en France et à l'émergence du Groupe
francophone des Herpèsvirus.
Au-delà des frontières nationales, les JFV attirent un
nombre d'étrangers qui se stabilise à 5-10 %. En dehors
des collègues européens francophones classiquement assidus
(belges et suisses), la participation de l'Afrique francophone (notamment
du Nord) devient plus régulière et doit être encouragée.
Tout cela illustre le potentiel fédérateur de la virologie
en général et de la langue française en particulier.
En ce qui concerne le profil des participants, les JFV mobilisent toujours
autant les étudiants post-doc (environ 30 %). Il s'agit d'une volonté
initiale du comité d'organisation qui s'efforce de maintenir pour
ces catégories des tarifs d'inscription très bas. Cette
jeunesse des JFV est un gage de dynamisme et d'avenir pour la virologie
francophone. Les autres catégories professionnelles que les JFV
intéressent sont variées : chercheurs (25 %), médecins/biologistes/vétérinaires
(20 %), ingénieurs/techniciens (10 %). Enfin, les industriels sont
présents.
Malgré leur réussite évidente, les JFV demeurent
fragiles sur le plan financier. La politique poursuivie de fournir un
programme de haute qualité en maintenant les tarifs d'inscription
les plus bas pour les 30 % d'étudiants post-doc, implique un soutien
indispensable de la communauté scientifique et industrielle. Celle-ci
est invitée à y réfléchir afin de permettre
la pérennité d'une réunion qui allie indépendance
et qualité scientifique, transversalité thématique
et multidisciplinarité.
Thèses en virologie
Cette rubrique répertorie les thèses en virologie qui
montrent la vitalité de notre discipline. Faites parvenir par courrier
électronique (ntordo@pasteur.fr) le titre, le résumé,
la spécialité, la date de la soutenance et, si possible,
la composition du jury. Merci aux bibliothèques des universités
de nous aider à compléter régulièrement cet
inventaire.
Thèses de doctorat en médecine
- Emmanuel Lapoile, 29 octobre 2001, Paris 11 (hépato-gastro-entérologie).
Étude de l'atteinte hépatique chez des patients co-infectés
par le virus de l'hépatite C et le virus de l'immunodéficience
humaine.
- Hien Tony Ngo Quang, 2002, Paris 11. Hépatite aiguë et
infection à virus herpès simplex chez la femme enceinte.
Thèses de doctorat en sciences
- Mathieu Robain, 20 décembre 2001, Paris 11 (santé publique).
Épidémiologie de la co-infection par le cytomégalovirus
(CMV) chez les sujets infectés par le virus de l'immunodéficience
humaine (VIH) : cohortes Seroco-Hemoco
- Didier Lecointe, 15 février 2002, Paris 11 (microbiologie/parasitologie).
Rôle des chimiokines et de leurs récepteurs au cours de la
co-infection des cellules gliales humaines par le cytomégalovirus
humain et le virus de l'immunodéficience humaine.
- Cécile Martinat, 29 mars 2002, Paris 6 (virologie fondamentale).
Étude des mécanismes impliqués dans l'établissement
de l'infection persistante du virus de Theiler dans le système
nerveux central de la souris.
- Éliane Gault, 4 avril 2002, Paris 6 (virologie). Diversité
des rotavirus humains : génotypes G des rotavirus circulant en
région parisienne et réarrangements génomiques d'un
rotavirus humain.
- Marjorie Pion, 16 avril 2002, Aix-Marseille (Maladies transmissibles
et pathologies tropicales). Mécanismes de la latence virale du
virus de l'immunodéficience humaine (VIH1).
Bêtisier
Virologie est une revue sérieuse, didactique, diffusant
des connaissances scientifiques actualisées dans tous les domaines
de la virologie. Pour autant, elle ne se veut pas austère et se
propose d'égayer ses numéros avec quelques « perles
virologiques », glanées çà et là. Si,
au cours de votre activité professionnelle, vous avez été
confrontés à des mots ou des événements qui
prêtent à sourire, n'hésitez pas à en faire
profiter nos lecteurs.
Vu dans des prescriptions :
- Recherche de CMV pour un grand hypotrophe. Ce n'est pas drôle,
mais est-ce possible ?
- Recherche de Paramyxovirus A et B. Pour une paragrippe ?
Relevé de perles dans des copies d'étudiants traitant
du virus de l'hépatite B (VHB) :
- Le VHB est un virus à capsule hélicoïdale.
Avec ça il devrait pouvoir être mis sur orbite.
- Le VHB est un virus à capside icozaédrique et l'antigène
HBs est recherché par technique Eliza. Avec des Z c'est tout
de suite beaucoup plus zientifique !
- Le VHB est isolé sur cellules MRC5. Depuis le temps
qu'on attendait ça !
- L'infection à VHB est un problème de santé
publique. Elle atteint plus d'une dizaine de millions d'individus dans
le monde. Banalité plus grande approximation : le candidat
pourrait certainement préparer des discours dans un proche avenir.
- Le VHB se présente sous forme d'une grosse particule d'environ
360 nm : la particule de Dame. Elle n'aurait pas pris un peu de tour
de taille la dame ?
- Le vaccin contre l'hépatite est commercialisé sous
le nom d'Angerix. Déjà vu mais tellement mignon.
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